在边检点有3种标识：1）Non-EU（非欧盟）、2）EU only（仅欧盟）和EU Only but with priority for diplomatic staff and flight crews（仅欧盟，外交人员和机务人员优先）。多数国家不要求签证就可以进入该国，你可以查看一下。和别的欧盟机场相比，这里的边检有时可能很慢（如果你是从上午10：00至下午2：00高峰期抵达机场，最有可能是这样）。有12个边检口，不过通常不会一起使用。总之，布拉格机场的安全严格、但讲效率。
如果你来自申根地区（往来2号航站楼所有航班），那么没有边检。多数欧盟国家现在都是申根的一部分（除英国）。
布拉格机场的电子边检门（E-Gate）
布拉格机场为旅客提供选择可以通过所谓的“E-Gate”（电子边检门）进行自动边检。基于Easy Go技术的这款新式设备让来自欧盟、欧洲经济区及瑞士的公民可利用自助式的检查，条件是要持有一张具有生物识别功能的护照及年龄在18岁以上。从头到尾整个电子边检门的检查过程为12-20秒。利用这一新技术将大大提高机场的边检能力。1号航站楼抵达的旅客可使用电子边检门（（在2号航站楼抵达的乘客不需要通过边检，因为所有的航班都是来自申根区）。