在委托建造一条平行跑道后，主跑道将被用于朝Jeneč*方向的起飞，而平行的跑道将被用于从Nebušice*方向来的着陆。跑道系统处理能力将应该从当前高峰期每小时46次起着陆次数上升到每小时72次。
（译注*——Jeneč和Nebušice都是布拉格市的地区名，这里用于表示大致的航班路线的方向）
有一个要建造一条新的起着陆跑道的计划，跑道将与当前06/24主跑道平行。虽然在2004年，捷克机场有限公司（Czech Airports Authority）总裁马丁.卡科宣（Martin Kačur）宣布2007年计划开始建设，两年后完工，但直到2011年10月27号这个建设项目才通过了环境部的EIA批准（环境影响评估）。申请最先于2005年提交，获得了3600多条评语。然而，审批中有一个部分是71项条件；其中有从凌晨至上午5：29全面停止运营。在2013年里，布拉格机场将为获取这条平行跑道建设的用地许可证做完材料的准备工作，建设应该会在2016年开始，新跑道可能在2019年开通。
目前06/24号跑道是主机场跑道，用于80%的机场交通。12/30号二级跑道只有在因技术或气象原因无法使用06/24号跑道时才可以使用。这意味着，虽然布拉格机场有两条跑道，但只启用了一条，单跑道的每小时处理能力为46次飞机运动（起飞和降落），从单跑道的交通流量来看，在欧洲排名最佳之列（绝对数量上的领先者是伦敦盖特威克机场，根据起落比例不同，每小时46—50的运动次数）。然而，即便这样的处理能力还是不够，当前的机场跑道系统负荷过重。
解决这个问题的办法是建一条新的平行跑道06R/24L。它将位于现在这条跑道以南1525米的位置，现在这条跑道将被改名为06L/24R。新跑道将位于原有的一条跑道04/22所在地，原有跑道将被取消。新跑道的规格为3550×60米，为了准确，还将配以一条工具跑道，在两个方向上装有ILS CAT IIIB设施（ILS CAT IIIB可以比方说在0能见度低的情况下让飞机自动着陆）。对这条新的平行跑道的投资额将为90亿捷克克朗。
平行跑道的土地，虽然他们有早就为人们所知的企业策划，但在2003年捷克共和国土地基金（Land Fund of the Czech Republic）还是以农业用地的价格将土地卖给了私人，其中在2005年有70多公顷被一家叫做Penta Investments的投资集团购买，它给出了一个比国家出高的报价（每平米500-1000捷克克朗）。布拉格机场在2008年底购买了这片土地。这片土地对布拉格机场公司身价来说至关重要，当时正在对进行企业私有化。在让Penta获得了好处的这笔交易中，净收入可能据称在30-35亿捷克克朗，每平米价格达到约5500捷克克朗。据《欧元每周新闻》（weekly EURO）援引可靠来源，投资集团要价每平米10000-12000捷克克朗（总共超过70亿）。Penta集团合伙拥有者马克.德斯彼法（Mark Dospiva）证实这个每平米价格是商议价格，对国家来说还是划算的。最终，交易的实现不是以土地购买的方式，而是 Realitní developerská公司以股票购买的方式，从而为国家减少纳税金。
在2005年，捷克共和国议会通过了一条特别法：第544/2005 Coll号法规-关于布拉格机场06R-24L号起飞着落用跑道建设，宣布了新跑道建设是为公众利益，而且可能对所需的土地进行自动征收。2009年3月，宪法法院宣布这条法律不符合宪法，从而法院遵照了17位议员的提议，后来议员Karel Schwarzenberg也加入提议人中。
靠近机场的很多当地居民组织不赞成建跑道，担心他们的居住环境会恶化。这些组织包括Civic Association for Nebušice。在最高行政法院上，当讨论一项用地计划时，机场建设的批评者们成功地对布拉格当局在决策中的非法性提出质疑。
布拉格市政当局续而向宪法法院提起申诉，质疑政法院的判决却以失败告终。在2006年11月28日，宪法法院法院驳回了申诉，从而明确肯定了新跑道建造中准备流程的非法性。
市政当局随后采用了一个新的土地利用计划。它在最高行政法院又一次受到质疑。然而，要求停建的上诉被驳回。在2009年3月25日，宪法法院作出决定让最高行政法院重新审查此案，因为（停建）决定“过于刻板”，“宪法法院的议会认为这样的（法院）流程不符合符合宪法”。法院的裁决对跑道项目没有立刻生效。