布拉格机场运营2个航站楼。1号航站楼用于飞往申根区外的国家的离港航班，2号航站楼处理飞往申根区成员国的离港航班。两个航站楼之间往来很方便（在航站楼之间没有穿梭巴士）。

1号和2号航站楼之间的转机

采用的流程：

• 抵达机场
• 乘客不要提取行李
• 乘客通过边检
• 乘客前往指定登机口
• 乘客通过安检

在1号和2号航站楼的手续办理只在安检地点不同。在1号航站楼，安检是在每个登机口，在2号航站楼，有一个中央安检点，直接在边检点后 。1号和2号航站楼之间的步行距离约8-10分钟（在航站楼间没有穿梭巴士）。

1号航站楼内的转机

采用的流程：

• 抵达机场
• 乘客不要提取行李
• 乘客前往指定登机口
• 乘客通过安检

2号航站楼内的转机

采用的流程：

• 抵达机场
• 乘客不要提取行李
• 乘客前往指定登机口

航班间转机

如果您有保证转机（在一张机票上预订）或只携带手提行李旅行，您可以留在中转区内。

转机过程有明确指示，从下飞机到登上下一航班一般不超过 15 分钟。

• 申根转申根： 留在 2 号航站楼，直接在登机口区域下机，无需安检。
• 申根国家前往非申根国家（反之亦然）： 从 2 号航站楼走到 1 号航站楼（约 150 米）。您需要通过护照和安检。
• 非申根国家前往非申根国家： 留在 1 号航站楼内，直接从出境口区域出来。您将通过安检。