布拉格机场运营2个航站楼。1号航站楼用于飞往申根区外的国家的离港航班，2号航站楼处理飞往申根区成员国的离港航班。两个航站楼之间往来很方便（在航站楼之间没有穿梭巴士）。
1号和2号航站楼之间的转机
采用的流程：
抵达机场
乘客不要提取行李
乘客通过边检
乘客前往指定登机口
乘客通过安检
在1号和2号航站楼的手续办理只在安检地点不同。在1号航站楼，安检是在每个登机口，在2号航站楼，有一个中央安检点，直接在边检点后 。1号和2号航站楼之间的步行距离约8-10分钟（在航站楼间没有穿梭巴士）。
1号航站楼内的转机
采用的流程：
抵达机场
乘客不要提取行李
乘客前往指定登机口
乘客通过安检
2号航站楼内的转机
采用的流程：
抵达机场
乘客不要提取行李
乘客前往指定登机口