值机柜台在1号航站楼和2号航站楼的出发大厅。要办理值机必须携带：机票（纸质或电子）、预订确认打印券、预订代码、一种身份证件，以及如果你所前往的国家要求，则还有签证。值机柜台通常在航班前2个小时开放，出发前30分钟关闭。布拉格机场推荐你一定要了解自己航空公司值机柜台的确切开放时间。
在值机柜台你要交付行李，行李会被做上标签以用于运往目的地时代处理，领取安排了机上指定座位的登机牌和一张行李票。然后你要通过安检点或边检点。
超大行李
携带非标准或超大行李出行时，例如：伞、婴儿车、自行车、滑雪板、冲浪板以及盒子等等，你必须在值机柜台和工作人员安排处理这个行李.行李将被送到一个标有：“非标准行李”的特别的工作台。这些工作台在1号和2号航站楼的出发大厅。如果你打算仅仅办理非标准行李的登机手续，那么我们推荐你直接联系航空公司（如果是包机的话则是联系旅行社）来商量处理托运，因为处理方法可能会根据具体运输条款而不同。
网上办理值机手续
如果你使用的是电子机票，有一些航空公司提供了电子办理值机的选择，让你在出发前提前48至3小时舒服地在家里，或办公室进行电子值机，具体的提前时间因航空公司的规定而定。以下为提供电子方式办理值机手续的航空公司列表。网上办理值机手续是节省时间的简便方法，随后就可以更愉快地在布拉格机场度过了。
手机值机是让旅客办理值机手续的一个现代化方法。
你需要的只是一部连上互联网的手机。从提供支持这一服务的航空公司网站上，可通过短信、或电子邮件的方式在手机上直接获得一个二维码。在机场，你只要将二维码靠在一个特别装置上即可登机。
这个革新的服务完全满足了人们对于速度、独立和灵活的要求。
可在线办理登机手续的航空公司：
自助值机亭
喜欢这种办理值机手续方式的乘客可用2号航站楼的16个和1号航站楼的9个自助亭。目前自助值机仅对以下航空公司才可采用：俄罗斯国际航空公司（Aeroflot）、法国航空公司（Air France）、奥地利航空公司（Austrian airlines）、布鲁塞尔航空公司（Brussels Airlines）、CSA捷克航空公司（ČSA）、达美航空公司（Delta Airlines）、芬兰航空公司（Finnair）、西班牙国际航空公司（Iberia ）、荷兰皇家航空公司（KLM）、德国汉莎航空公司（Lufthansa ）、土耳其航空公司（Turkish Airlines）。预计在未来别的航空公司也会加入这一行列。
所列出的航空公司的乘客在通过使用自助值机亭时，可用电子票来办理值机手续。当对某个航班出现无法使用自助值机亭时，会提醒乘客使用标准值机柜台来办理。
在使用自助值机亭时，身份识别是通过输入电子票的号码或预订代码，或通过扫描护照、任何带有磁条的信用卡、打印的登机牌，或通过输入电子票的号码，再输入你所选航空公司的忠诚度计划会员卡的卡号。
如果你仅携带了手提行李出行，只要检票，然后直接前往相应的出发的出口，不用耽误；如果你有行李要办理手续，只要将行李交给在标准值机柜台附近特定点的“行李放置”柜台。在那你会领到一张行李票，然后可以直接前往安检或边检。下列为支持这一办理值机方法的航空公司。
上面提到的办理值机手续的方法是缩短值机手续过程的一个非常快捷和简单的方法，让旅客能在布拉格机场度过一段更舒适的时间。
可办理自助值机手续的航空公司: