สนามบินปรากรองรับเที่ยวบินมากกว่า 200 เที่ยวต่อวัน (ช่วงฤดูท่องเที่ยวมีสูงเกือบ 300 เที่ยวบิน) และมีสายการบินประมาณ 45 – 50 ราย ที่ให้บริการบินตรง เที่ยวบินตามกำหนดการ และแบบเช่าเหมาลำ รองรับจุดหมายปลายทาง 83 แห่งทั่วโลก (ใน 38 ประเทศ) ทำให้ที่นี่เป็นสนามบินที่ใหญ่มาก ช่วงฤดูหนาวจะมีเที่ยวบินน้อยลงกว่าในฤดูร้อน
แต่ละเดือนมีผู้คนใช้สนามบินจำนวน 1.2 ล้านคน เท่ากับจำนวนประชากรที่อาศัยอยู่ในปราก อ้างอิงตามจำนวนของผู้โดยสารที่เดินทางผ่านอาคาร (ประมาณ 10 – 12 ล้านคนต่อปี) สนามบินวาตสลัฟ ฮาเวล คือหนึ่งในสนามบิน 30 อันดับแรกของยุโรปและเป็นสนามบินที่ใหญ่เป็นอันดับที่สองในยุโรปกลาง โดยได้รับความนิยมเพิ่มขึ้นด้วยจำนวนของสายการบินต้นทุนต่ำที่ได้รับประโยชน์จากจุดหมายปลายทางต่างๆ ในยุโรปตอนกลางของปราก สนามบินปรากมีคู่แข่งสำคัญที่อยู่ใกล้เคียง เช่น เวียนนา มิวนิก เนือร์นแบร์ก และเดรสเดิน ผู้โดยสารที่มองหาเที่ยวบินราคาถูกจึงเลือกออกเดินทางจากสนามบินเหล่านั้นมากกว่าปราก อีกปัจจัยที่ลดจำนวนของเที่ยวบินที่สนามบินปรากคือการที่สายการบิน Czech Airlines ได้ลดจำนวนเที่ยวบินลงในหลายๆ จุดหมาย ปัจจัยสุดท้ายที่ส่งผลต่อปริมาณผู้โดยสารคือสายการบินต้นทุนต่ำที่สนใจจะบินมายังปรากที่ไม่มีข้อสรุป เนื่องจากค่าธรรมเนียมของสนามบินปรากนั้นสูงมาก การเจรจาจึงล้มเหลว ยกตัวอย่างเช่น Ryanair
สายการบินหลักของสนามบินปรากคือ Czech Airlines (ČSA) เป็นส่วนหนึ่งของ SkyTeam Alliance และส่วนใหญ่จะทำการบินไปยังยุโรปและรัสเซีย ในปี 2012 และ 2013 สายการบินนี้ได้ขยายบริการไปยังเอเชียและออสเตรเลีย โดยร่วมมือกับ Etihad Airways และ Koran Air (ซึ่งได้เข้าซื้อหุ้นของบริษัท 44% และช่วยให้บริษัทไม่ล้มละลาย)
ปัจจุบันเที่ยวบินตรงจากสนามบินปรากมีดังนี้ อาบูดาบี, อัลมาตี, อัมสเตอร์ดัม, เอเธนส์, บากู, บาร์เซโลนา, บารี, บาเซิล / มัลเฮาส์, เบอร์ลิน / เทเกล, บริสตอล, บรัสเซลส์, บูคาเรสต์ / ออตโตเพนิ, บูดาเปสต์, โคโลญ, โคเปนเฮเกน, โดเนตสค์, ดูไบ, ดับลิน, ดึสเซิลดอร์ฟ, เอดินบะระ, เยคาเตรินบุร์ก, แฟรงค์เฟิร์ต, เจนีวา, ฮัมบูร์ก, เฮลซิงกิ, อิสตันบูล, คาซาน, เคียฟ / บอรีสปีล, คอชีตเซ, ครัสโนดาร์, ลีดส์, ลิสบอน, ลอนดอน / แกตวิค, ลอนดอน / ทโธรว์ลอนดอน / ลูตัน, ลอนดอน / แตนสเต็ด, ลียง, มาดริด, แมนเชสเตอร์, มาร์เซย์, มิลาน / แบร์กาโม มิลาน / มัลเปนซา, มินส์ค, มอสโก / เชเรเมเตียโว, มิวนิค, เนเปิลส์, นิวคาสเซิล, นิจนีนอฟโกรอด, โนโวซีบีสค์, โอเดสซา, ออสโล, ออสตราวา, ปารีส / ชาร์ลส์เดอโกลล์, เพิร์ม, ปิซา, ริกา, โรม / ฟีอูมีชีโน, รอสตอฟ, รอตเทอร์ดาม, ซามารา, โซล / อินชอน, โซเฟีย, เซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก, สตอกโฮล์ม / อาร์ลันดา, สบูร์ก, ชตุทท์การ์ท, ทาชเคนต์, ทบิลิซี, เทลอาวีฟ, ตูลูส, อูฟาเวนิส / มาร์โคโปโล, เวนิส / เทรวิโซ, เวียนนา, วอร์ซอ, เยเรวาน, ซูริก
