หลังจากการว่าจ้างของรันเวย์คู่ขนาน รันเวย์หลักจะถูกใช้สำหรับบินขึ้นสู่ Jeneč ในขณะที่รันเวย์คู่ขนานจะใช้สำหรับการลงจอดจากทิศทางของ Nebušice ความสามารถของระบบรันเวย์ควรเพิ่มขึ้นเป็น 72 ครั้งต่อชั่วโมงจากปัจจุบัน 46 ครั้งในช่วงเวลาสูงสุด
มีแผนจะสร้างทางวิ่งขึ้นและลงใหม่ ซึ่งจะขนานกับทางวิ่งหลักที่มีอยู่ 06/24 แม้ว่าในปี 2547 Martin Kačur ผู้อำนวยการทั่วไปของการท่าอากาศยานแห่งสาธารณรัฐเช็ก ได้ประกาศแผนเริ่มการก่อสร้างในปี 2550 และแล้วเสร็จในสองปีต่อมา แต่โครงการก่อสร้างได้รับการอนุมัติจากกระทรวงสิ่งแวดล้อมของ EIA เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม 2554 เท่านั้น (การประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม). มีการยื่นคำร้องครั้งแรกในปี 2548 และมีผู้แสดงความคิดเห็นมากกว่า 3600 รายการ อย่างไรก็ตาม ส่วนหนึ่งของการอนุมัติคือ 71 เงื่อนไข; เหนือสิ่งอื่นใด การหยุดให้บริการของสนามบินโดยสมบูรณ์ตั้งแต่เที่ยงคืนถึง 05:29 น. ในปี พ.ศ. 2556 สนามบินปรากกำลังดำเนินการจัดเตรียมเอกสารสำหรับการขอใบอนุญาตการแบ่งเขตสำหรับการก่อสร้างทางวิ่งขนานที่เรียกว่าทางวิ่ง ซึ่งควรขนานกับทางวิ่งหลักที่มีอยู่ การก่อสร้างควรเริ่มในปี 2559 และการเปิดรันเวย์ใหม่อาจเกิดขึ้นในปี 2562
รันเวย์ปัจจุบัน 06/24 เป็นรันเวย์สนามบินหลัก และใช้สำหรับการจราจรของสนามบินมากกว่า 80% ทางวิ่งรอง 12/30 อาจใช้เพื่อดำเนินการเฉพาะในกรณีที่ไม่สามารถใช้ทางวิ่ง 06/24 ได้ด้วยเหตุผลทางเทคนิคหรืออุตุนิยมวิทยา ซึ่งหมายความว่าแม้ว่าสนามบินปรากจะมีรันเวย์สองทางวิ่ง แต่มีการใช้ทางวิ่งเพียงทางเดียว ความจุรายชั่วโมงของรันเวย์เดียวคือ 46 การเคลื่อนไหวของเครื่องบิน (ขึ้นและลง) ซึ่งจัดอันดับสนามบินนี้ให้ดีที่สุดในยุโรปในแง่ของการจราจรบนรันเวย์เดียว (ผู้นำที่แท้จริงคือสนามบินลอนดอนแกตวิคที่มีความจุ 46- 50 การเคลื่อนไหวขึ้นอยู่กับอัตราส่วนของการขึ้นและลง) อย่างไรก็ตาม ความจุดังกล่าวยังไม่เพียงพอ และระบบรันเวย์ของสนามบินยังได้รับภาระหนักอยู่ในขณะนี้
การแก้ปัญหาคือการสร้างรันเวย์ขนานใหม่ 06R/24L โดยจะตั้งอยู่ทางใต้ของรันเวย์ที่มีอยู่ 1525 เมตร ซึ่งจะเปลี่ยนชื่อเป็น 06L/24R รันเวย์ใหม่จะตั้งอยู่ในรันเวย์สนามบินเดิมในวันที่ 04/22 ซึ่งจะถูกยกเลิก รันเวย์ใหม่จะมีขนาด 3550 x 60 เมตร โดยจะติดตั้งเป็นทางวิ่งของเครื่องมือสำหรับแนวทางที่แม่นยำด้วยสิ่งอำนวยความสะดวก ILS CAT IIIB ทั้งสองทิศทาง (อนุญาต ILS CAT IIIB เช่น การลงจอดอัตโนมัติในการมองเห็นเป็นศูนย์จนถึงสัมผัสพื้น) การลงทุนในรันเวย์คู่ขนานใหม่จะมีมูลค่า 9 พันล้านคราวน์
ที่ดินสำหรับรันเวย์คู่ขนาน แม้จะรู้จักแผนกลยุทธ์มานาน แต่ก็ถูกขายโดยกองทุนที่ดินแห่งสาธารณรัฐเช็กในปี 2546 ให้กับเจ้าของเอกชนในราคาที่ดินเพื่อเกษตรกรรม กลุ่มการลงทุนชื่อ Penta Investments ซื้อที่ดินมากกว่า 70 เฮกตาร์ในปี 2548 เมื่อเสนอราคาที่ดีกว่ารัฐ (500-1,000 CZK/m²) สนามบินปรากได้ซื้อที่ดินนี้เมื่อปลายปี 2551 ที่ดินถือเป็นส่วนสำคัญสำหรับราคาของสนามบินปราก ซึ่งกำลังเตรียมการแปรรูป รายได้สุทธิของการทำธุรกรรมเพื่อประโยชน์ของ Penta น่าจะอยู่ที่ 3-3.5 พันล้าน CZK โดยราคาต่อตารางเมตรของที่ดินอยู่ที่ประมาณ 5500 CZK ตามค่าเงินยูโรรายสัปดาห์ที่อ้างถึงแหล่งที่เชื่อถือได้ กลุ่มการลงทุนต้องการ 10–12,000 คราวน์ต่อตารางเมตร (รวมมากกว่าเจ็ดพันล้านคราวน์) Mark Dospiva เจ้าของร่วม Penta ยืนยันว่าราคาต่อตารางเมตรเป็นราคาที่ต่อรองได้ ยังคงได้เปรียบสำหรับรัฐ ในท้ายที่สุด ธุรกรรมดังกล่าวไม่ได้รับรู้เป็นการซื้อที่ดิน แต่ผ่านการซื้อหุ้นโดยบริษัท Realitní developerká ทำให้สามารถลดการจ่ายภาษีสำหรับประเทศได้
ในปี 2548 รัฐสภาแห่งสาธารณรัฐเช็กได้ผ่านกฎหมายพิเศษฉบับที่ 544/2005 Coll. ว่าด้วยการก่อสร้างรันเวย์สำหรับการขึ้น-ลงและลงจอด 06R – 24L ของสนามบินปราก-รูซีเนซึ่งประกาศการก่อสร้างใหม่ ทางวิ่งเพื่อประโยชน์สาธารณะและความเป็นไปได้ของการเวนคืนที่ดินโดยอัตโนมัติ ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2552 ศาลรัฐธรรมนูญได้ประกาศกฎหมายว่าขัดต่อรัฐธรรมนูญและถูกยกเลิก ดังนั้น ศาลจึงปฏิบัติตามข้อเสนอของวุฒิสมาชิก 17 คน ซึ่งวุฒิสมาชิกอีกคนหนึ่งคือ Karel Schwarzenberg ได้เพิ่มชื่อของเขาในภายหลัง
สมาคมจำนวนหนึ่งของชาวท้องถิ่นที่อยู่ใกล้สนามบินไม่เห็นด้วยกับการสร้างรันเวย์ เนื่องจากเกรงว่าสภาพแวดล้อมที่พวกเขาอาศัยอยู่จะเสื่อมลง ซึ่งรวมถึงสมาคมพลเมืองสำหรับ Nebušice นักวิจารณ์การก่อสร้างสนามบินประสบความสำเร็จในการท้าทายการตัดสินใจของทางการปรากอย่างผิดกฎหมายต่อหน้าศาลปกครองสูงสุดเมื่อหารือเกี่ยวกับแผนการแบ่งเขต
เทศบาลแห่งปรากได้พยายามไม่ประสบความสำเร็จในการคัดค้านคำพิพากษาของศาลปกครองโดยการร้องเรียนต่อศาลรัฐธรรมนูญ อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549 ศาลรัฐธรรมนูญได้ปฏิเสธคำร้องดังกล่าวและได้ยืนยันอย่างชัดเจนถึงความผิดกฎหมายในการจัดทำขั้นตอนการก่อสร้างทางวิ่งใหม่
ทางเทศบาลได้นำแผนการแบ่งเขตใหม่มาใช้ มันถูกท้าทายอีกครั้งต่อหน้าศาลปกครองสูงสุด อย่างไรก็ตาม การร้องเรียนการเลิกจ้างถูกยกเลิก เมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2552 ศาลรัฐธรรมนูญสรุปว่าศาลปกครองสูงสุดต้องพิจารณาคดีนี้ใหม่อีกครั้ง เนื่องจากคำวินิจฉัย “เป็นทางการเกินไป” และ “วุฒิสภาศาลรัฐธรรมนูญไม่พบขั้นตอนที่สอดคล้องกับรัฐธรรมนูญ” คำตัดสินของศาลไม่มีผลทันทีต่อโครงการรันเวย์