Prags flygplats hanterar över 200 flygningar om dagen (under högsäsong ibland nära 300) och används av omkring 45 till 50 transportföretag som flyger direktanslutningar, schemlagt och charter, till 83 destinationer världen över (i 38 länder), vilket gör den till en flygplats av betydande storlek. Vintertidtabellen tenderar att se färre flygningar än sommarens tidtabell.
Upp till 1,2 miljoner människor i månaden använder flygplatsen – ungefär samma antal som bor i själva Prag. Baserat på det antal passagerare som passerar genom terminalerna (omkring 10-12 miljoner passagerare per år), så är Vaclav Havel flygplats bland topp 30 av flygplatserna i Europa och den näst största i Centraleuropa. Dess popularitet har höjts av antalet budgetflygbolag som kan dra nytta av Prags centraleuropeiska placering. Naturligtvis har Prags flygplats några stora konkurrenter i form av näraliggande flygplatser som Wien, München, Nürnberg och Dresden, där många passagerare som letar efter billigare flyg väljer att avresa från de flygplatserna istället för Prag. En annan faktor som reducerar antalet flygningar vid Prags flygplats är att det tjeckiskt ägda transportbolaget Czech Airlines avsevärt minskat sina flygningar till många destinationer. Den senaste faktorn som påverkat volymen av passagerare är att en del lågkostnadsbolag som var intresserade av att flyga till Prag inte kunde nå en överenskommelse eftersom Prags flygplats fortfarande har väldigt höga avgifter, så förhandlingarna gick om intet – till exempel med Ryanair.
Det största flygtransportbolaget vid Prags flygplats är Czech Airlines (ČSA), del av SkyTeam Alliance, som flyger mestadels till europeiska och ryska destinationer. År 2012 och 2013 utökade detta transportbolag sina tjänster till Asien och Australien i samarbete med Etihad Airways och Koran Air (som faktiskt köpte 44 % av företagets aktier och möjligen räddade det från konkurs).
Nuvarande direktflyg som flyger från Prags flygplats går till: Abu Dhabi, Almaty, Amsterdam, Aten, Baku, Barcelona, Bari, Basel/Mulhouse, Berlin/Tegel, Bristol, Bryssel, Bukarest/Otopeni, Budapest, Köln, Köpenhamn, Donetsk, Dubai, Dublin, Dusseldorf, Edinburgh, Ekaterinburg, Frankfurt, Geneve, Hamburg, Helsingfors, Istanbul, Kazan, Kiev/Borispol, Kosice, Krasnodar, Leeds, Lissabon, London/Gatwick, London/Heathrow, London/Luton, London/Stansted, Lyon, Madrid, Manchester, Marseille, Milano/Bergamo, Milano/Malpensa, Minsk, Moskva/Sheremetyevo, München, Neapel, Newcastle, Nizhniy Novgorod, Novosibirsk, Odessa, Oslo, Ostrava, Paris/Charles de Gaulle, Perm, Pisa, Riga, Rom/Fiumicino, Rostov, Rotterdam, Samara, Seoul/Incheon, Sofia, St Petersburg, Stockholm/Arlanda, Strasbourg, Stuttgart, Tashkent, Tbilisi, Tel Aviv, Toulouse, Ufa, Venedig/Marco Polo, Venedig/Treviso, Wien, Warsawa, Yerevan, Zürich.
