После введения в эксплуатацию параллельной взлетно-посадочной полосы, основная ВПП будет использоваться для вылетов в направлении Женца, в то время как на параллельную полосу будут приземляться воздушные суда, прибывающие со стороны Небушице. Пропускная способности ВПП должна увеличиться до 72 вылетов и посадок в час, по сравнению с нынешними 46 вылетами и посадками в самые загруженные часы работы аэропорта.
Также в планах аэропорта есть строительство новой взлетно-посадочной полосы, параллельно существующей ВПП 06/24. В 2004 году генеральный директор чешского Управления гражданской авиации Мартин Качур заявил о намерении начать строительство параллельной ВПП в 2007 году и закончить его в течение двух лет. Однако, лишь 27 октября 2011 года проект получил одобрение Министерства окружающей среды Чехии, после тщательного изучения его воздействия на окружающую среду. Заявка на рассмотрение проекта была впервые подана в 2005 году и получила свыше 3600 нареканий. Стоит отметить, что разрешение на строительство было выдано только с учетом выполнения 71 условия, одним из которых является закрытие аэропорта с полуночи до 5:29 утра. В 2013 году пражский аэропорт закончил сбор документов для получения разрешения на зонирование в рамках строительства новой ВПП, которая будет идти параллельно ныне существующей главной взлетно-посадочной полосе. Само строительство новой ВПП должно начаться в 2016 году. Открытие новой ВПП намечено на 2019 год.
Существующая ВПП 06/24 является основной взлетно-посадочной полосой аэропорта, принимающей до 80% пассажиропотока. Вторая ВПП 12/30 используется только в случае невозможности использования ВПП 06/24, в связи с неблагоприятными погодными или техническими условиями. Иными словами, пражский аэропорт фактически использует только одну ВПП из двух имеющихся. Пропускная способность одной полосы составляет 46 взлетов и посадок в час, что ставит Пражский Аэропорт в один ряд с лучшими европейскими аэропортами по движению воздушных судов на одну ВПП (абсолютным лидером в данной категории является лондонский аэропорт Гатвик, имеющий пропускную способность 46-50 воздушных судов в час, в зависимости от соотношения взлетов и посадок). Однако, даже такая пропускная способность пражского аэропорта далека от желаемой, что приводит к очевидной перегрузке взлетно-посадочной полосы.
Решением данной проблемы является строительство новой параллельной ВПП 06R/24L. Полоса будет располагаться в 1525 метрах к югу от главной полосы, которая будет переименована в 06L/24R. Новая взлетно-посадочная полоса будет располагаться на месте старой ВПП 04/22, которая будет выведена из эксплуатации.
Имея размеры 3550 x 60 метров, новая полоса будет оборудована ILS CAT IIIB для посадки по приборам в обоих направлениях (радионавигационная система захода на посадку по приборам категории IIIB (ILS CAT IIIB) позволяет, помимо прочего, осуществлять полностью автоматическую посадку при нулевой видимости). Стоимость строительства новой параллельной взлетно-посадочной полосы составляет 9 млрд. крон (CZK).
В 2003 году частые инвесторы выкупили участок земли для строительства полосы по цене земли сельскохозяйственного значения. Продавцом выступал Земельный фонд Чешской Республики. В 2005 году более 70 гектаров этих земель были выкуплены инвестиционной группой Penta Investments, после того, как они предложили более высокую цену за участок, чем государство (500-1000 крон/м²). В 2008 году эта земля перешла в собственность пражского аэропорта. В то время аэропорт готовился к приватизации, а этот участок земли сыграл важную роль в определении конечной стоимости аэропорта. По предварительным расчетам, чистая прибыль компании Penta от продажи этого участка составила 3-3,5 млрд. крон, а цена за квадратный метр земли, по слухам, доходила до 5500 крон. Согласно надежным источникам еженедельника EURO, инвестиционная группа получила 10-12,000 крон за квадратный метр земли (что в сумме составило более семи миллиардов крон). Совладелец Penta Марк Доспива заявил, что цена за метр земли была договорной и выгодной для государства. Сделка была представлена не как покупка земельного участка, а как приобретение акций компании Realitní developerská, что позволило государству сэкономить на налоговых выплатах.
В 2005 году парламент Чешской Республики принял специальный законопроект под номером 544/2005 о Строительстве взлетно-посадочной полосы 06R – 24L в аэропорту Прага-Рузыне, который объявил строительство новой полосы делом государственной важности, с возможностью автоматического принудительного изъятия необходимой для этих целей земли. В марте 2009 года Конституционный суд признал законопроект противоречащим конституции, что привело к его аннулированию. Таким образом, суд поддержал прошение 17 сенаторов, к числу которых впоследствии присоединился сенатор Карел Шварценберг.
Некоторые местные жители, выступающие против строительства ВПП, считают, что новая полоса нанесет непоправимый вред окружающей среде. Одной из групп, выступающих против строительства, является гражданская ассоциация Небушице. Противники расширения аэропорта с успехом оспорили законность решений пражских властей в Высшем административном суде, в частности, относительно вопроса о плане зонирования.
Впоследствии муниципальные власти Праги безуспешно пытались оспорить решение Административного суда, обратившись с жалобой в Конституционный суд. 28 ноября 2006 года Конституционный суд отклонил жалобу, окончательно подтвердив незаконность процедуры подготовки к строительству новой взлетно-посадочной полосы.
Данное решение подтолкнуло муниципальные власти к разработке нового плана зонирования, который противники строительства также оспаривали в Высшем административном суде. Суд отклонил жалобу о приостановлении работ. 25 марта 2009 года Конституционный суд принял решение о необходимости повторного рассмотрения дела Высшим административным судом, ввиду «очевидной формальности» принятого решения и его «несоответствия конституционным процедурам, принятым сенатом Конституционного суда». Решение суда не подразумевает немедленной отмены проекта строительства взлетно-посадочной полосы.