O Aeroporto de Praga lida com mais de 200 voos por dia (na estação alta, por vezes, quase 300 voos por dia) e é utilizado por cerca de 45 a 50 transportadoras, que operam ligações diretas, regulares e fretes para 83 destinos em todo o mundo (em 38 países), tornando-se num aeroporto de grande dimensão. O horário de inverno tende a ter menos voos do que o de verão.
A maior companhia aérea no Aeroporto de Praga é a Czech Airlines (CSA), que faz parte da SkyTeam Alliance, e proporciona voos principalmente para destinos europeus e russos. Em 2012 e 2013, esta companhia aérea expandiu os seus serviços para a Ásia e Austrália, em cooperação com a Etihad Airways e a Koran Air (as quais adquiriram 44% das ações da empresa e possivelmente a salvaram da falência).
Até 1,2 milhões de pessoas utilizam o aeroporto por mês, que equivale ao mesmo número de pessoas que vivem em Praga. Segundo o número de passageiros que passam através dos terminais (cerca de 10 a 12 milhões de passageiros por ano), o Aeroporto Vacláv Havel está entre os 30 melhores aeroportos da Europa e o segundo maior aeroporto da Europa Central. A sua popularidade tem sido impulsionada pelo número de companhias aéreas de baixo custo que beneficiam da localização de Praga na Europa Central. Escusado será dizer que o Aeroporto de Praga tem alguns grandes concorrentes próximos em termos de aeroportos, tais como Viena, Munique, Nuremberga e Dresden, com muitos passageiros à procura de voos mais baratos a optar por partir desses aeroportos, em vez de partir do Aeroporto de Praga. Outro fator da redução do número de voos no Aeroporto de Praga é que a transportadora checa Czech Airlines reduzira de forma significativa os seus voos para diversos destinos. O último fator que influencia o volume de passageiros é que algumas companhias aéreas de baixo custo que estavam interessadas em voar para Praga não conseguiram chegar a um acordo, devido às taxas elevadas do Aeroporto de Praga, razão pela qual as negociações falharam, por exemplo, com a Ryanair.
Os atuais voos diretos operados pelo Aeroporto de Praga têm como destinos: Abu Dhabi, Almaty, Amesterdão, Atenas, Bacu, Barcelona, Bari, Basel / Mulhouse, Berlim / Tegel, Bristol, Bruxelas, Bucareste / Otopeni, Budapeste, Colónia, Copenhaga, Donetsk, Dubai, Dublin, Dusseldorf, Edimburgo, Ecaterimburgo, Frankfurt, Genebra, Hamburgo, Helsínquia, Istambul, Kazan, Kiev / Borispol, Kosice, Krasnodar, Leeds, Lisboa, Londres / Gatwick, Londres / Heathrow, Londres / Luton, Londres / Stansted, Lyon, Madrid, Manchester, Marselha, Milão / Bérgamo, Milão / Malpensa, Minsk, Moscovo / Sheremetyevo, Munique, Nápoles, Newcastle, Nizhniy Novgorod, Novosibirsk, Odessa, Oslo, Ostrava, Paris / Charles de Gaulle, Perm, Pisa, Riga, Roma / Fiumicino, Rostov, Roterdão, Samara, Seul / Incheon, Sofia, São Petersburgo, Estocolmo / Arlanda, Estrasburgo, Estugarda, Tashkent, Tbilisi, Telavive, Toulouse, Ufa, Veneza / Marco Polo, Veneza / Treviso, Viena, Varsóvia, Yerevan, Zurique.
