Há três sinais no controlo de passaportes: 1) Non-EU (Fora da Comunidade Europeia), 2) EU only (Só da Comunidade Europeia) e 3) EU Only (Só da Comunidade Europeia) mas com prioridade para o pessoal diplomático e tripulações. A maioria das nacionalidades não precisa de um visto para entrar no país, mas pode-se conferir aí. Em comparação com outros aeroportos na Comunidade Europeia, o controlo de passaportes pode ser bastante lento às vezes (durante o horário de ponta, que é entre as 10h00 e as 14h00). Há 12 postos de controlo de passaportes, mas, em geral, nem todos estão ativos ao mesmo tempo. Em geral, a segurança no Aeroporto de Praga é difícil, mas eficiente.
Se estiver a chegar do espaço Schengen (todos os voos de/para o Terminal 2), não há qualquer posto de controlo de passaportes. A maioria dos países da Comunidade Europeia faz agora parte do espaço Schengen (exclusive o Reino Unido e a Irlanda).
E-Gate no Aeroporto de Praga
O Aeroporto de Praga oferece aos viajantes a opção de verificação de passaporte self-service através do chamado “E-Gate”. Baseado na tecnologia Easy Go, o novo equipamento permite aos cidadãos da Comunidade Europeia, do Espaço Económico Europeu e da Suíça tirar proveito do processo de verificação self-service, desde que sejam portadores de um passaporte biométrico e tenham mais de 18 anos de idade. Do início ao fim, todo o processo de verificação no E-Gate demora 12 a 20 segundos. A utilização da nova tecnologia aumentará de forma substancial a capacidade de verificar passaportes por parte do aeroporto. O E-Gate está disponível aos passageiros que chegam ao Terminal 1 (os passageiros que chegam ao Terminal 2 não precisam de passar a imigração, dado que todos os voos são do espaço Schengen).