Depois do comissionamento de uma pista paralela, a pista principal será utilizada para decolagens rumo a Jenec, enquanto a pista paralela será utilizada para aterragens rumo a Nebusice. A capacidade do sistema de pistas deverá subir para setenta e duas descolagens e aterragens por hora das atuais quarenta e seis durante os horários de ponta.
Existe um plano para construir uma nova pista de decolagem e aterragem, que será paralela à pista principal existente 06/24. Embora, em 2004, o Diretor-Geral da Autoridade de Aeroportos Checos, Martin Kacur, tenha anunciado o início previsto da construção para 2007 e a conclusão dois anos depois, foi somente em 27 de outubro de 2011 que o projeto de construção obteve do Ministério do Meio Ambiente a aprovação da EIA (Environmental Impact Assessment). A primeira aplicação foi arquivada em 2005 e atraiu mais de três mil e seis centos comentários. No entanto, uma parte da aprovação foi de setenta e uma condições; entre outras coisas, a interrupção completa do horário de funcionamento do aeroporto das 00h00 às 05h29. Durante o ano de 2013, o Aeroporto de Praga completará materiais para a obtenção de uma licença de zoneamento para a construção da chamada pista paralela, que deverá ser paralela à pista principal existente. A construção deverá começar em 2016 e a abertura de uma nova pista poderá ter lugar em 2019.
A pista atual 06/24 é a principal pista do aeroporto e é utilizada por mais de oitenta por cento do tráfego do aeroporto. A pista secundária 12/30 pode ser utilizada apenas em casos onde não é possível utilizar a pista 06/24 por razões técnicas ou meteorológicas. Isso significa que, embora o Aeroporto de Praga tenha duas pistas, apenas uma é utilizada. A capacidade horária de uma única pista é de quarenta e seis movimentos de aeronaves (decolagens e aterragens), que coloca este aeroporto entre os melhores da Europa em termos de fluxo de tráfego numa única pista (o líder absoluto é o London Gatwick Airport, com uma capacidade de quarenta e seis a cinquenta movimentos, dependendo do rácio de decolagens e aterragens). No entanto, mesmo essa capacidade não é suficiente e o sistema de pistas do aeroporto está atualmente sobrecarregado.
A solução para o problema é a construção da nova pista paralela 06R/24L. Esta será localizada a mil e quinhentos e vinte e cinco metros ao sul da pista existente, que será renomeada para 06L/24R. A nova pista será localizada na área de uma pista de aeroporto original – 22/04, que será cancelada. A nova pista terá as dimensões de 3550 x 60 metros, e será equipada como uma pista de aterragem por instrumento para a aproximação de precisão com o meio ILS CAT IIIB em ambas as direções (ILS CAT IIIB permite, por exemplo, a aterragem automática em condições de visibilidade zero até ao alcance do solo). O investimento na nova pista paralela será de nove biliões de coroas checas.
A terra para a pista paralela, apesar do seu plano estratégico, foi vendida em 2003 pelo Fundo Regional da República Checa a proprietários privados pelo preço da terra agrícola. Mais de setenta hectares desta terra foram comprados por um grupo de investimento chamado Penta Investments em 2005, quando ofereceu um preço melhor do que o estado (500-1000 CZK/m²). O Aeroporto de Praga adquiriu esta terra no final de 2008. A terra era considerada crucial pelo preço do Aeroporto de Praga, que estava a ser preparada para privatização. O lucro líquido da transação para o benefício da Penta deve supostamente ter sido entre 3 e 3.5 biliões de coroas checas, com o preço por metro quadrado de terra alcançando cerca de 5.500 CZK. Segundo o EURO semanal referente a fontes credíveis, o grupo de investimento precisava de 10.000 a 12.000 CZK por metro quadrado (um total de mais de sete biliões de coroas suecas). O coproprietário da Penta, Mark Dospiva, confirmou que o preço por metro quadrado seria negociável, mas vantajoso para o estado. A transação foi finalmente realizada não como uma compra de terras, mas através da compra de ações pela companhia Realitní developerská, permitindo a redução do pagamento de impostos ao país.
Em 2005, o Parlamento da República Checa aprovou a lei especial nº 544/2005 sobre a construção da pista de decolagem e aterragem 06R-24L do Aeroporto Prague-Ruzyne, que declarou que a construção da nova pista como de interesse público, bem como a possibilidade de expropriação automática de terra como necessária. Em março de 2009 a lei foi declarada inconstitucional pelo Tribunal Constitucional e anulada. O tribunal, portanto, consentiu a proposta de dezassete senadores, aos quais um senador, Karel Schwarzenberg, posteriormente acrescentou o seu nome.
Diversas associações de residentes perto do aeroporto discordaram com a construção da pista, temendo a deterioração do meio ambiente em que viviam. Estas incluem a Associação Cívica para Nebusice. Os críticos da construção do aeroporto desafiaram com sucesso a ilegalidade da decisão das autoridades de Praga perante o Supremo Tribunal Administrativo ao discutir um plano de zoneamento.
A autoridade municipal de Praga posteriormente tentou, sem sucesso, impugnar a decisão do Tribunal Administrativo perante o Tribunal Constitucional. No entanto, em 28 de novembro de 2006, o Tribunal Constitucional rejeitou a denúncia e, portanto, definitivamente confirmou a ilegalidade do processo de preparação da construção da nova pista.
A autoridade municipal, em seguida, adotou um novo plano de zoneamento. Este foi novamente contestado perante o Supremo Tribunal Administrativo. No entanto, a denúncia foi rejeitada. Em 25 de março de 2009, o Tribunal Constitucional concluiu que o Supremo Tribunal Administrativo tinha de reexaminar este caso, porque a decisão tinha sido “demasiado formalista” e “tal procedimento não tinha sido considerado pelo Senado do Tribunal Constitucional como constitucionalmente concordante”. O veredito do Tribunal não teve efeito imediato sobre o projeto da pista.