Po uruchomieniu równoległego pasu startowego, główny pas startowy będzie używany do startów w kierunku Jeneč, podczas gdy równoległy pas startowy będzie wykorzystywany do lądowania w kierunku Nebušice. Pojemność systemu pasu startowego ma wzrosnąć do 72 startów i lądowań na godzinę z obecnych 46 w godzinach szczytu.
Istnieje plan budowy nowego pasu startowego lądowania, który będzie równoległy do istniejącego głównego pasa startowego 24/6. Chociaż w 2004 r. dyrektor generalny Urzędu Czeskiego Lotniska, Martin Kačur, ogłosił planowane rozpoczęcie budowy w 2007 roku, a zakończenie na dwa lata później, dopiero w dniu 27 października 2011 r., projekt budowlany otrzymał z Ministerstwa Środowiska zgodę OOŚ (ocena oddziaływania na środowisko). Wniosek został złożony po raz pierwszy w 2005 roku i zdobył ponad 3 600 komentarzy. Jednak zatwierdzona część zawiera 71 warunków, między innymi, pełne zaprzestanie godzin pracy lotniska od północy do 05:29. Podczas 2013 Lotnisko Praga kompletuje materiały do uzyskania pozwolenia na budowę tak zwanego pasa równoległego, który powinien być równoległy do istniejącego głównego pasa startowego. Budowa powinna rozpocząć się w 2016, a otwarcie nowego pasu startowego może się odbyć w 2019 roku.
Obecny pas startowy 24/6 jest głównym pasem lotniska i jest używany przez ponad 80% ruchu na lotnisku. Drugi pas 12/30 może być wykorzystany do sterowania tylko w przypadkach, gdy nie jest możliwe wykorzystanie pasa startowego 24/06 z przyczyn technicznych lub meteorologicznych. Oznacza to, że chociaż Lotnisko Praga ma dwa pasy startowe, to wykorzystuje tylko jeden. Godzinowa przepustowość jednego pasa to 46 ruchów samolotów (startów i lądowań), co plasuje to lotnisko na jednym z najlepszych w Europie pod względem natężenia ruchu na jednym pasie startowym (absolutnym liderem jest London Gatwick Airport o pojemności 46 – 50 ruchów w zależności od stosunku startów i lądowań). Jednak nawet takie zdolności nie są wystarczające i system pasa startowego jest obecnie przeciążony.
Rozwiązaniem problemu jest budowa nowego pasa startowego, równoległego do 06R/24L. Będzie znajdować się 1 525 metrów na południe od istniejącego pasa startowego, który zostanie zmieniony na 06L/24R. Nowy pas startowy będzie zlokalizowany w obszarze pierwotnego pasa startowego lotniska 04/22, który zostanie anulowany. Nowy pas startowy będzie mieć wymiary 3550 x 60 metrów i będzie wyposażony w instrument pasa startowego dla precyzyjnego podejścia z łatwością ILS CAT IIIB w obu kierunkach (ILS CAT IIIB umożliwia np. automatyczne lądowanie w zerowej widoczności do dotykania ziemi). Inwestycja w nowy pas startowy wyniesie 9 bilionów CZK.
Teren na równoległy pas startowy, mimo jego długo znanego planu strategicznego, został sprzedany w 2003 roku przez Fundusz Ziemi Republiki Czeskiej prywatnym właścicielom za cenę gruntów rolnych. Ponad 70 hektarów tej ziemi zostało zakupionych przez grupę inwestycyjną o nazwie Penta Investments w 2005 roku, kiedy zaproponowała ona lepszą cenę niż państwo (500-1000 CZK/m²) . Lotnisko Praga nabyło tę ziemię pod koniec 2008 roku. Ziemia została uznana za kluczową dla ceny Lotniska Praga, które było przygotowywane do prywatyzacji. Zysk netto z tytułu transakcji na rzecz Penta powinien rzekomo wynosić 3-3,5 biliona CZK, przy cenie za metr kwadratowy ziemi sięgającej około 5 500 CZK. Według tygodniowego EURO odnosząc się do wiarygodnych źródeł, grupa inwestycyjna zażądała 10-12 000 CZK za metr kwadratowy (w sumie ponad siedem bilionów koron). Współwłaściciel Penta, Mark Dospiva potwierdził, że cena za metr kwadratowy jest ceną do negocjacji i nadal korzystną dla państwa. Transakcja została ostatecznie zrealizowana nie jako zakup gruntów, ale poprzez zakup akcji firmy deweloperskiej Realitní, co pozwala na zmniejszenie płatności podatkowych w tym kraju.
W 2005 r. Parlament Republiki Czeskiej przyjął specjalną ustawę nr 544/2005, w sprawie budowy pasa startowego do startu i lądowania 06R – 24L na Lotnisku Praga-Ruzyne, które zadeklarowało budowę nowego pasa startowego, jako w interesie publicznym, a także potrzeby możliwości automatycznego wywłaszczenia gruntów. W marcu 2009 roku prawo zostało uznane za niekonstytucyjne przez Trybunał Konstytucyjny i unieważnione. Sąd zatem spełnił wniosek 17 senatorów, do których dodatkowo Senator, czyli Karel Schwarzenberg, dodał następnie swoje nazwisko.
Liczba stowarzyszeń mieszkańców pobliskiego lotniska nie zgadza się na budowę pasa startowego obawiając się degradacji środowiska, w którym żyją. Jest wśród nich Stowarzyszenie Civic Nebušice. Krytycy budowy lotniska skutecznie zaskarżają przed NSA nielegalność podejmowania decyzji władz w Pradze podczas omawiania planu zagospodarowania przestrzennego.
Następnie Urząd Miejski w Pradze bezskutecznie próbował podważyć wyrok Trybunału przez skargę administracyjną przed Trybunałem Konstytucyjnym. Jednak w dniu 28 listopada 2006 r. Trybunał Konstytucyjny odrzucił skargę, a zatem ostatecznie potwierdzono nielegalność procedury przygotowania nowej konstrukcji pasa startowego.
Kolejno Urząd Miasta przyjął nowy plan zagospodarowania przestrzennego, który został ponownie zakwestionowany przed NSA. Jednak skarga kasacyjna została odwołana. W dniu 25 marca 2009 roku Trybunał Konstytucyjny uznał, że Naczelny Sąd Administracyjny ma ponownie zbadać ten przypadek, ponieważ decyzja była „zbyt formalistyczna” i „takie postępowanie nie zostało ocenione przez Senat Trybunału Konstytucyjnego jako konstytucyjnie zgodne”. Werdykt Trybunału nie ma bezpośredniego wpływu na projekt pasa startowego.