Er zijn drie borden bij de Paspoort Controle: 1) Non-EU, 2) Eu only en 3) EU only met prioriteit voor diplomatisch personeel en vliegtuigpersoneel. De meeste nationaliteiten hebben geen visum nodig om het land in te komen maar dat kunt u hier controleren. Vergeleken met andere EU vliegvelden kan de paspoortcontrole hier wat langzaam zijn (dit is zeker mogelijk als u op piekuren langs komt, van 10:00 tot 14:00 uur). Er zijn 12 paspoort gates, maar ze zijn lang niet altijd allemaal tegelijk open. Over het algemeen is de beveiliging op het vliegveld streng maar efficiënt.
Als u arriveert vanuit de Schengen zone (alle vluchten naar/van Terminal 2) is er geen paspoortcontrole. De meeste EU landen zijn nu onderdeel van Schengen (het VK uitgezonderd).
Prague Airport E-Gate
Het Vliegveld van Praag biedt reizigers de optie om hun paspoort automatisch te controleren via de zo gehete “E-Gate”. Gebaseerd op Easy Go technologie, de nieuwe apparatuur stelt inwoners van de Europese Unie, het Europese Economische Gebied en Zwitserland in staat gebruik te maken van een self-service controle, zolang zij over een biometrisch paspoort beschikken en minimaal 18 jaar oud zijn. Van begin tot eind, duurt het gehele incheck proces in de E-Gate 12-20 seconden. Gebruik van de nieuwe technologie verhoogt de capaciteit van het vliegveld om paspoorten te controleren. De E-Gate is beschikbaar voor passagiers die aankomen in Terminal 1 (passagiers die aankomen in Terminal 2 hoeven niet door de douane gezien alle vluchten uit de Schengen zone komen).