Pēc paralēlā skrejceļa nodošanas ekspluatācijā galvenais skrejceļš tiks izmantots pacelšanās virzienā Jenečas virzienā, savukārt paralēlais skrejceļš tiks izmantots nolaišanās no Nebušices virziena. Skrejceļa sistēmas jaudai vajadzētu palielināties līdz 72 pacelšanās un nolaišanās stundā no pašreizējām 46 pīķa laikā.
Ir plānots izbūvēt jaunu pacelšanās un nosēšanās skrejceļu, kas būs paralēli esošajam galvenajam skrejceļam 06/24. Lai gan 2004. gadā Čehijas lidostu pārvaldes ģenerāldirektors Martins Kačurs paziņoja par plānoto būvniecības sākšanu 2007. gadā un tika pabeigts divus gadus vēlāk, tikai 2011. gada 27. oktobrī būvprojekts saņēma Vides ministrijas apstiprinājumu IVN. (ietekmes uz vidi novērtējums). Pieteikums pirmo reizi tika iesniegts 2005. gadā, un tas ir saņēmis vairāk nekā 3600 komentāru. Tomēr apstiprinājuma daļa ir 71 nosacījums; cita starpā pilnīga lidostas darba laika pārtraukšana no pusnakts līdz 5:29. 2013. gadā Prāgas lidostā tika pabeigti materiāli zonējuma atļaujas saņemšanai tā sauktā paralēlā skrejceļa būvniecībai, kuram jābūt paralēlam esošajam galvenajam skrejceļam. Būvniecība jāsāk 2016. gadā, un jauna skrejceļa atklāšana varētu notikt 2019. gadā.
Pašreizējais skrejceļš 06/24 ir galvenais lidostas skrejceļš un tiek izmantots vairāk nekā 80% no lidostas satiksmes. Sekundāro skrejceļu 12/30 drīkst izmantot darbībai tikai gadījumos, kad tehnisku vai meteoroloģisku iemeslu dēļ nav iespējams izmantot skrejceļu 06/24. Tas nozīmē, ka, lai gan Prāgas lidostai ir divi skrejceļi, tiek izmantots tikai viens. Viena skrejceļa stundas kapacitāte ir 46 gaisa kuģu kustības (pacelšanās un nolaišanās), kas šo lidostu ierindo starp labākajām Eiropā pēc satiksmes plūsmas uz viena skrejceļa (absolūtā līdere ir Londonas Getvikas lidosta ar jaudu 46- 50 kustības atkarībā no pacelšanās un nosēšanās attiecības). Taču arī ar šādu jaudu nepietiek, un lidostas skrejceļu sistēma šobrīd ir pārslogota.
Problēmas risinājums ir jauna paralēla skrejceļa 06R/24L izbūve. Tas atradīsies 1525 metrus uz dienvidiem no esošā skrejceļa, kas tiks pārdēvēts par 06L/24R. Jaunais skrejceļš atradīsies oriģinālajā lidostas skrejceļā 22.04., kas tiks atcelts. Jaunā skrejceļa izmēri būs 3550 x 60 metri. Tas tiks aprīkots kā instrumentāls skrejceļš precīzai glisādei ar ILS CAT IIIB iekārtu abos virzienos (ILS CAT IIIB ļauj, piemēram, automātisku nosēšanos nulles redzamības apstākļos līdz pieskaršanās zemei). Investīcijas jaunajā paralēlajā skrejceļā būs CZK 9 miljardi.
Zemi paralēlajam skrejceļam, neskatoties uz to sen zināmo stratēģisko plānu, Čehijas Republikas Zemes fonds 2003. gadā pārdeva privātīpašniekiem par lauksaimniecības zemes cenu. Vairāk nekā 70 hektārus šīs zemes iegādājās investīciju grupa Penta Investments 2005. gadā, kad tā piedāvāja labāku cenu nekā valsts (500-1000 CZK/m²). Prāgas lidosta šo zemi ieguva 2008. gada beigās. Zeme tika uzskatīta par izšķirošu Prāgas lidostas, kas tika gatavota privatizācijai, cenai. Tiek apgalvots, ka Penta labā darījuma tīrajiem ienākumiem vajadzēja būt CZK 3–3,5 miljardiem, cenai par zemes kvadrātmetru sasniedzot aptuveni 5500 CZK. Saskaņā ar iknedēļas EURO, atsaucoties uz ticamiem avotiem, ieguldījumu grupai bija nepieciešami 10–12 000 CZK par kvadrātmetru (kopā vairāk nekā septiņi miljardi kronu). Pentas līdzīpašnieks Marks Dospiva kvadrātmetra cenu apstiprināja kā runājamu, valstij joprojām izdevīgu cenu. Darījums galu galā tika realizēts nevis kā zemes iegāde, bet gan, uzņēmumam Realitní developerská iegādājoties akcijas, kas ļāva samazināt nodokļu maksājumus valstij.
2005. gadā Čehijas Republikas parlaments pieņēma īpašu likumu Nr. 544/2005 Coll. par pacelšanās un nosēšanās skrejceļa 06R – 24L izbūvi Prāgas-Ruzinas lidostā, kas pasludināja jaunas lidostas būvniecību. skrejceļš kā sabiedrības interesēs, un ir nepieciešama iespēja automātiskai zemes atsavināšanai. 2009. gada martā Satversmes tiesa atzina likumu par antikonstitucionālu un atcēla. Tādējādi tiesa izpildīja 17 senatoru priekšlikumu, kuram pēc tam savu vārdu pievienoja vēl viens senators, proti, Karels Švarcenbergs.
Vairākas lidostas tuvumā esošo vietējo iedzīvotāju asociācijas nepiekrīt skrejceļa būvniecībai, baidoties no viņu dzīves vides pasliktināšanās. To skaitā ir Pilsoniskā apvienība Nebušicei. Lidostas būvniecības kritiķi veiksmīgi apstrīdēja Prāgas varas iestāžu lēmumu nelikumību Augstākajā administratīvajā tiesā, apspriežot zonējuma plānu.
Pēc tam Prāgas pašvaldības pārvalde nesekmīgi mēģināja apstrīdēt Administratīvās tiesas spriedumu, iesniedzot sūdzību Konstitucionālajā tiesā. Taču 2006.gada 28.novembrī Satversmes tiesa sūdzību noraidīja un tādējādi galīgi apstiprināja jaunā skrejceļa būvniecības procedūras sagatavošanas nelikumību.
Pēc tam pašvaldības iestāde pieņēma jaunu zonējuma plānu. Tas atkārtoti tika apstrīdēts Augstākajā administratīvajā tiesā. Tomēr sūdzība par pārtraukšanu tika noraidīta. 2009.gada 25.martā Satversmes tiesa secināja, ka AT šī lieta ir jāizskata atkārtoti, jo lēmums bija “pārāk formālistisks” un “Satversmes tiesas Senāts šādu procedūru neatzina par Satversmei atbilstošu”. Tiesas spriedumam nav tūlītējas ietekmes uz skrejceļa projektu.