출입국 관리에는 세 개의 표지판이 있다: 1) 비-EU, 2) EU 전용 그리고 3) EU 전용이지만 대사관 직원이나 항공기 승무원 우선. 대부분의 국적은 이 나라를 들어오는 데 비자가 필요하지 않지만, 여기에서 확인할 수 있다. 다른 EU 공항과 비교해서, 출입국 관리는 때때로 상당히 느릴 수 있다(10:00 a.m.에서 2:00 p.m 사이의 피크 시간에 도착하면 이런 경우가 될 가능성이 아주 높다). 12 개의 출입국 게이트가 있지만 일반적으로 이들이 전부 한꺼번에 업무를 보지는 않는다. 전체적으로, 프라하 공항의 보안은 엄하지만 효율적이다.
당신이 Schengen 지역 내에서 출발했으면(모든 항공편은2번 터미널에 도착/출발) 입국 검사는 없다. 대부분의 EU국가는 현재 Schengen의 일부이다 (UK 제외).
프라하 공항 E-게이트
프라하 공항은 소위 “E-게이트”를 통과하는 자동 출입국 관리 옵션을 여행객들에게 제공한다. Easy Go 기술에 기반해서, 이 새 장비는 유럽 연합, 유럽 경제 공동체, 그리고 스위스의 시민들이 바이오메트릭 여권을 소지하고 있고 18세 이상이면, 셀프 서비스 확인을 이용할 수 있도록 해준다. 처음부터 끝까지, E-게이트의 전체 확인 과정은 12-20초가 걸린다. 새 기술의 사용은 공항 입출국 확인 능력을 실질적으로 증대시켜 줄 것이다. E-게이트는 1번 터미널(2번 터미널로 도착하는 승객들은 모든 항공편이Schengen지역에서 오기 때문에 입국 심사를 통과할 필요가 없다)로 도착하는 승객들이 사용 가능하다.