出入国審査には、3つのサインがあります：１）EU以外、2）EUのみ、3）EUのみ、ただし外交スタッフやフライト乗務員を優先とする。ほぼすべての国籍の方が、入国にビザは必要ありませんが、念のためご確認ください。他のEU空港と比べ、しばしば出入国審査にかなり時間がかかります（特にピーク時期、午前10：00～午後2：00まで）。入国ゲートは12ヶ所ありますが、通常その何ヶ所かだけで対応しています。全体的に見て、プラハ空港のセキュリティは厳しいですが、効果的です。
シェンゲン圏内からご到着（発着はすべてターミナル2）された場合、出入国審査はありません。ヨーロッパ諸国のほとんどが、現在シェンゲン協定に加盟しています（イギリスを含む）。
プラハ空港Eゲート
プラハ空港では、「Eゲート」と呼ばれる自動出入国審査もご利用いただけます。この新しい機器は、操作が簡単で、ヨーロッパ連合、ヨーロッパ経済地域、スイスに市民権がある方は、セルフサービス審査としてご利用いただけます。生体認証パスポートの保持者で18歳以上の方が対象です。審査のプロセスは、始めから終わりまですべてEゲートで行われ、12～20秒で終了します。この新しい技術の導入により、空港の出入国審査能力が実質的に向上しました。Eゲートは、ターミナル1にご到着された方（ターミナル2にご到着された方は、入国手続きが不要です。すべてシェンゲン圏発の便だからです）にご利用いただけます。