プラハ空港では、１日に200機以上（多い時期には300機近く）の飛行機が発着しています。45～50の航空会社が、世界83都市（38カ国）に向けて直行便、定期便、チャーター便を運行しています。冬は夏に比べ、運行便が比較的少なくなります。
この空港の利用客数は、多い月で120万人で、プラハの人口とほぼ同じです。ターミナルを通過する乗客数の統計によると（年間約1000万～1200万人）、ヴァーツラフ·ハヴェル空港は、ヨーロッパでトップ30、中央ヨーロッパでは2番目に大きい空港です。この人気の秘密は、プラハがヨーロッパの中心にあり、数多くの格安航空会社が利用していることにあります。もちろんプラハ空港の近隣には、ウィーン、ミュンヘン、ニュルンベルク、ドレスデン空港などの主要なライバル空港がいくつかあり、多くの乗客たちがより安いフライトを求めて、こうした空港を利用しています。プラハ空港で運行便が減少しているもうひとつの理由は、チェコが国営するチェコ航空が、様々な目的地へ向かう便を減らしていることです。また、プラハ航空へのフライトに興味を示していた格安航空会社と、契約に至らなかったため、最近乗客数が伸び悩んでいます。プラハ空港の利用料が未だに非常に高いため、ライアンエアーなどとの交渉に失敗しました。
プラハ航空を利用している主な航空会社は、チェコ航空(ČSA)です。この航空会社は、スカイチーム·アライアンスの子会社で、主にヨーロッパやロシアへ向けて運行しています。2012～2013年にかけて、エティハド航空や大韓航空（チェコ航空の株式を44％購入し、チェコ航空を倒産から救いました）と提携し、アジアやオーストラリアに向けてサービスを拡大しました。
現在プラハ空港から直行便が運行されている目的地：アブダビ、アルマトイ、アムステルダム、アテネ、バクー、バルセロナ、バーリ、バーゼル/ミュールーズ、ベルリン/テーゲル、ブリストル、ブリュッセル、ブカレスト/オトペニ、ブダペスト、ケルン、コペンハーゲン、ドネツク、ドバイ、ダブリン、デュッセルドルフ、エディンバラ、エカチェリンブルグ、フランクフルト、ジュネーブ、ハンブルク、ヘルシンキ、イスタンブール、カザン、キエフ/ボリースピリ、コシツェ、クラスノダール、リーズ、リスボン、ロンドン/ガトウィック、ロンドン/ヒースローロンドン/ルートン、ロンドン/スタンステッド、リヨン、マドリード、マンチェスター、マルセイユ、ミラノ/ベルガモ、ミラノ/マルペンサ、ミンスク、モスクワ/シェレメーチエヴォ、ミュンヘン、ナポリ、ニューキャッスル、ニージニーノブゴロド、ノボシビルスク、オデッサ、オスロ、オストラヴァ、パリ/シャルル·ド·ゴール、パーマ、ピサ、リガ、ローマ/フィウミチーノ、ロストフ、ロッテルダム、サマラ、ソウル/仁川、ソフィア、サンクトペテルブルク、ストックホルム/アーランダ、ストラスブール、シュツットガルト、タシケント、トビリシ、テルアビブ、トゥールーズ、ウファ、ヴェネツィア/マルコ·ポーロ、ヴェネツィア/トレヴィーゾ、ウィーン、ワルシャワ、エレバン、チューリッヒ。
