Az útlevél ellenőrzésnél három jelzés látható: 1) Nem-EU, 2) Kizárólag EU és 3) Kizárólag EU de csak az elsőbbséget élvező diplomáciai személyzet és a járatok legénysége. A legtöbb ország állampolgárának a belépéshez Csehország területére nincs szüksége vízumra, azonban vízumkötelezettségét itt ellenőrizheti. A többi EU repülőtérrel összehasonlítva az útlevél ellenőrzés néha kifejezetten lassú (ez akkor a legvalószínűbb, ha csúcsidőben érkezik délelőtt 10 és délután 2:00 óra között). 12 útlevél ellenőrző kapu van, de általában nem működik mind egyszerre. Mindent összevetve a biztonsági ellenőrzés a prágai reptéren kemény, de hatékony.
Ha a schengeni övezetből érkezik (minden járat a 2. Terminálról/-ra), nincs útlevél ellenőrzés. A legtöbb EU ország már része a schengeni övezetnek (az Egyesült Királyságot kivéve).
Prágai repülőtér E-Gate (E-kapu)
A prágai repülőtér felajánlja az utazóknak az automatikus útlevél ellenőrzés lehetőségét, az úgynevezett „E-Gate”-en kereszül. Az Easy Go technológián alapuló új berendezés lehetővé teszi az Európai Unió, az Európai Gazdasági Közösség és Svájc állampolgárai számára az önellenőrzés használatát, feltéve, hogy biometrikus útlevél tulajdonosok és elmúltak 18 évesek. A kezdéstől a befejezésig az E-Gate-en keresztül a teljes ellenőrzési folyamat 12-20 másodpercig tart. Az új technológia használata jelentősen meg fogja növelni a repülőtér útlevél ellenőrzési kapacitását. Az E-Gate az 1. Terminálra érkező utasok számára elérhető (a 2. Terminálra érkező utasoknak nem szükséges átjutnia a bevándorláson, mivel az összes járat a schengeni övezetből érkezik).