A prágai repülőtér termináljai
1. Terminál – Interkontinentális járatok, beleértve az Egyesült Királyságba, Írországba, Észak-Amerikába (USA, Kanada), a Közel-Keletre, Afrikába és Ázsiába induló járatokat.
2. Terminál – Járatok az EU Schengeni Egyezmény tagországain belül és más európai célállomásokra.
3. Terminál – Charterjáratok, teherszállító- és magán gépek. Hivatalos állami látogatások vagy főbb események.
A repülőtérnek három terminálja van: az 1. Terminál, a 2. Terminál és a 3. Terminál. Az 1. és a 2. Terminál egyaránt bonyolítja a nemzetközi és a belföldi indulásokat és érkezéseket, míg a 3. Terminál kezeli az általános és az üzleti célú légiközlekedést. Mindkét nyilvános terminálon az érkezési- és az indulási csarnokok egymás mellett vannak és ugyanazon a szinten találhatók. A terminálok közötti transzfert minibuszok vagy taxik biztosítják. A Schengeni országokból (pl. Spanyolország, Németország) érkező összes járat a 2. Terminálra, míg az összes több járat (az olyan nem Schengeni országokból, mint az USA és az Egyesült Királyság) az 1. Terminálra érkezik. Az új 2. Terminál, amelyet 2006-ban nyitottak meg, hat épületből áll és nagyszerű létesítményei vannak. Ez főként az EU-ba tartó és az EU-ból érkező járatokat kezeli. A 2. Terminál üzembe állításával, a prágai repülőtér jelentős lépest tett a létesítményei modernizálásának irányába, zökkenőmentes utas és poggyászkezelést biztosítva, és megnövelve a repülőtér áteresztő képességét, amely egyre inkább Közép- és Kelet Európa egyik fő légi csomópontjává válik. Több tervezett beruházás kapcsolódik ehhez a terminálhoz, amelyek több látogató Prágába vonzását célozzák, illetve a következő 10 évben az utasok számának nagyjából 20 millióra történő megduplázását segítik elő.