Tri su znaka na Kontroli putovnica: 1) Non-EU, 2) Samo EU i 3) Samo EU, ali s prednosti za diplomatsko osoblje i članove posade. Većina nacionalnosti ne treba vizu za ulazak u zemlju, ali možete provjeriti ovdje. U usporedbi s ostalim zračnim lukama EU-a, kontrola putovnica može ponekad biti prilično spora (ovo će navjerojatnije biti slučaj ako dođete za vrijeme najveće gužve, od 10:00 do 14:00). 12 je vrata za putovnice, ali obično ne rade sva odjednom. Sve u svemu, sigurnost u Praškoj zračnoj luci stroga je, ali učinkovita.
Ako dolazite iz schengenske zone (svi letovi na Terminal 2 i s njega), nema kontrole putovnica. Većina zemalja EU-a sada je dio Schengena (osim UK-a).
E-Gate Praške zračne luke
Praška zračna luka nudi putnicima mogućnost automatske provjere putovnica preko takozvanog „E-Gatea“. Na temelju Easy Go tehnologije, nova oprema omogućuje građanima Europske unije, Europskog gospodarskog prostora i Švicarske da iskoriste samouslužnu provjeru, pod uvjetom da imaju biometrijsku putovnicu i da su stariji od 18 godina. Od početka do kraja, čitav proces provjere na E-Gateu traje 12-20 sekunda. Korištenje nove tehnologije dostupno je putnicima koji dolaze na Terminal 1 (putnici koji dolaze na Terminal 2 ne moraju proći kontrolu jer su svi letovi iz schengenske zone).