Nakon puštanja paralelne piste u rad, glavna će se pista koristiti za polijetanja prema Jeneču, dok će se paralelna pista koristiti za slijetanja iz pravca Nebušice. Kapacitet sustava pista trebao bi porasti na 72 polijetanja i slijetanja po satu s trenutnih 46 na vrhuncu rada.
Postoji plan za izgradnju nove piste za polijetanje i slijetanje koja će biti paralelna postojećoj glavnoj pisti 06/24. Iako je 2004. glavni direktor uprave češke zračne luke, Martin Kačur, objavio planirani početak gradnje 2007., i dovršenje dvije godine poslije, tek je 27. listopada 2011. projekt izgradnje dobio od Ministarstva za zaštitu okoliša odobrenje EIA (procjena utjecaja na okoliš). Molba je prvo predana 2005. i prikupila je više od 3600 komentara. Međutim, dio odobrenja uključuje 71 uvjet; među ostalim, potpuni prekid rada zračne luke od ponoći do 5:29 ujutro. Tijekom 2013., Praška zračna luka prikupljala je materijale za dobivanje urbanističke dozvole za izgradnju takozvane paralelne piste, koja bi trebala biti paralelna s postojećom glavnom pistom. Izgradnja bi trebala početi 2016., a otvaranje nove piste moglo bi se održati 2019.
Trenutna pista 06/24 glavna je pista zračne luke i koristi se za više od 80 % prometa zračne luke. Druga pista 12/30 može se koristiti za rad samo u slučajevima kada nije moguće koristiti pistu 06/24 zbog tehničkih ili meteoroloških razloga. To znači da, iako Praška zračna luka ima dvije piste, samo se jedna koristi. Kapacitet po satu jedne piste jest 46 kretanja zrakoplova (polijetanja i slijetanja), što stavlja ovu zračnu luku među najbolje u Europi što se tiče prometa na pisti (apsolutni je vođa London Gatwick Airport s kapacitetom od 46-50 kretanja, ovisno o omjeru polijetanja i slijetanja). Međutim, čak i takav kapacitet nije dovoljan i sustav pisti zračne luke trenutno je preopterećen.
Rješenje tog problema jest izgradnja nove paralelne piste 06R/24L. Bit će smještena 1525 metara od postojeće piste, koja će biti preimenovana u 06L/24R. Nova će pista biti smještena na području izvorne piste zračne luke 04/22, koja će biti otkazana. Imat će dimenzije 3550×60 metara i bit će opremljena kao instrumentna pista za precizan pristup s objektom ILS CAT IIIB u oba smjera (ILS CAT IIIB omogućuje npr. automatsko slijetanje na nultoj vidljivosti sve do dodira s tlom). Ulaganje u novu paralelnu pistu iznosit će 9 milijardi CZK.
Zemljište za paralelnu pistu, unatoč njihovom dugo poznatom strateškom planu, prodao je 2003. Zemljišni fond Republike Češke privatnim vlasnicima po cijeni poljoprivrednog zemljišta. Više od 70 hektara ovog zemljišta kupila je investicijska grupa pod imenom Penta Investments 2005., kada je ponudila bolju cijenu od države (500-1000 CZK/m²). Praška zračna luka kupila je ovo zemljište krajem 2008. Zemljište se smatralo ključnim za cijenu Praške zračne luke, koja se spremala za privatizaciju. Neto zarada od transakcije u korist Pente navodno je bila 3-3.5 milijarde CZK, s cijenom po kvadratnom metru zemljišta koja je dosegla otprilike 5500 CZK. Prema tjednom tečaju eura, pozivajući se na povjerljive izvore, investicijska grupa tražila je 10–12,000 CZK po kvadratnom metru kao cijenu za pregovore, što je još bilo povoljno za državu. Transakcija se na kraju ostvarila ne kao kupnja zemljišta, nego putem kupnje dionica tvrtke Realitní developerská, što je omogućilo smanjenje plaćanja poreza državi.
2005. godine Parlament Republike Češke donio je poseban zakon br. 544/2005 Coll., o izgradnji piste za polijetanje i slijetanje 06R – 24L zračne luke Prag-Ruzyně, koji je proglasio izgradnju nove piste javnim interesom, uz potrebnu mogućnost automatskog izvlaštenja zemljišta. U ožujku 2009. Ustavni je sud proglasio zakon neustavnim i poništio ga. Sud je tako postupao u skladu s prijedlogom 17 senatora, kojem je nadalje senator Karel Schwarzenberg kasnije dodao svoje ime.
Nekoliko udruga lokalnih stanovnika u blizini zračne luke ne slaže se s izgradnjom piste, bojeći se pogoršanja okoliša u kojem žive. To uključuje Građansku udrugu za Nebušice. Kritičari izgradnje zračne luke uspješno su doveli u pitanje zakonitost odlučivanja praških vlasti pred Visokim upravnim sudom kada se raspravljalo o prostornom planu.
Gradske vlasti Praga kasnije su bezuspješno pokušale osporiti presudu Upravnog suda žalbom na Ustavnom sudu. Međutim, 28. studenog 2006. Ustavni je sud odbio žalbu i time konačno potvrdio nezakonitost postupka pripreme izgradnje nove piste.
Gradske su vlasti potom usvojile novi prostorni plan. Ponovno je doveden u pitanje na Visokom upravnom sudu. Međutim, žalba je odbijena. 25. ožujka 2009. Ustavni je sud zaključio da Visoki upravni sud mora preispitati ovaj slučaj jer je odluka bila „preformalistička“ i „Senat Ustavnog suda nije vidio takav postupak suglasnim s Ustavom“. Sudska presuda nema izravan učinak na projekt izgradnje piste.