יש שלושה סימנים של בקורת דרכונים : 1) Non-EU (לא מהאיחוד האירופי) 2) EU
Only (רק מהאיחוד האירופי) 3) EU Only במסלול מיוחד לדיפלומטים ולאנשי צוות אויר. רוב המגיעים לנמל התעופה אינם זקוקים לוויזה כדי להיכנס למדינה, אך אפשר לבדוק זאת כאן. בהשוואה לנמלי התעופה במדינות האיחוד האירופי האחרות ביקורת הדרכונים היא לעיתים איטית מאוד (במיוחד אם אתה מגיע בשעות השיא, משעה 10:00 עד 14:00 ). יש 12 שערי ביקורת דרכונים אך לפעמים לא כולם מאוישים בו זמנית. ככלל, הביטחון בנמל התעופה של פראג מוקפד את יעיל.
אם אתה מגיע ממדינות החתומות על הסכם שנגן (כל הטיסות המגיעות/יוצאות מטרמינל 2) אין לך בקורת דרכונים. רוב מדינות האיחוד האירופי חתומות על הסכם שנגן (מלבד בריטניה).
שער E בנמל התעופה של פראג
נמל התעופה של פראג מציע לנוסעים גם בדיקת דרכונים אוטומטית באמצעות מתקן "השער האלקטרוני" ("E-Gate"). הציוד החדיש, המבוסס על טכנולוגיית Easy Go, מאפשר לאזרחי מדינות האיחוד האירופי , השוק האירופי המשותף ושוויץ לבצע בדיקה בשירות עצמי, בתנאי שברשותם דרכון ביומטרי והם בני 18 שנים ויותר. מתחילתו ועד סופו תהליך הבדיקה האוטומטית של הדרכון ב- E-Gate אורך 12-20 שניות בלבד. השימוש בטכנולוגיה החדישה יגדיל בעתיד את המהירות והיעילות של בדיקת הדרכונים בנמל התעופה של פראג. השימוש ב- E-Gate אפשרי וזמין לנוסעים המגיעים לטרמינל 1 (נוסעים המגיעים לטרמינל 2 לא זקוקים לבדיקת הגירה כל הטיסות המגיעות לטרמינל יוצאות ממדינות החתומות על הסכם שנגן).