Après la mise en service d’une piste parallèle, la piste principale sera utilisée pour les décollages vers Jeneč, alors que la piste principale sera utilisée pour les arrivées provenant de Nebušice. Les pistes d’atterrissage peuvent accueillir jusqu’à 72 décollages et atterrissages par heure pendant les heures de pointe contre 46 en temps normal.
La construction d’une nouvelle piste pour les décollages et les arrivées est prévue, elle sera parallèle à la piste principale actuelle 06/24. Même si Martin Kačur, le directeur général des autorités aéroportuaires des aéroports tchèques avait annoncé en 2004 le début de la construction en 2007 et l’achèvement des travaux deux ans plus tard, le projet de construction ne reçut l’approbation relative à la directive EIE (évaluation de l’impact environnmental) du Ministère de l’Environnement que le 27 octobre 2011. La demande avait initialement été déposée en 2005 et elle avait recueilli plus de 3.600 commentaires. Cependant, 71 conditions font partie de l’approbation – entre autres choses : une interruption totale des heures de service de l’aéroport entre minuit et 5h29. En 2013, l’aéroport de Prague effectue toutes les démarches pour obtenir un permis de zonage pour la construction de la piste parallèle, qui doit être parallèle à la piste principale existante. La construction devrait débuter en 2016 et l’ouverture de la nouvelle piste devrait être ouverte en 2019.
La piste 06/24 actuelle est la piste principale de l’aéroport, et elle est utilisée pour plus de 80% du trafic de l’aéroport. La piste secondaire 12/30 ne peut être utilisée que lorsqu’il est impossible d’utiliser la piste 06/24 pour des raisons techniques ou météorologiques. Cela signifie que même si l’aéroport de Prague dispose de deux pistes, seule une des deux est utilisée. La capacité horaire d’une piste unique est de 46 mouvements d’appareils (décollages et atterrissages), ce qui classe cet aéroport parmi les meilleurs d’Europe en termes de trafic sur une piste (le leader absolu est l’aéroport London Gatwick avec une capacité de 46-50 mouvements selon le ration décollages/atterrissages). Cependant, une telle capacité n’est pas suffisante et les pistes de l’aéroport sont actuellement surchargées.
La solution au problème est la construction d’une nouvelle piste parallèle 06R/24L. Elle sera située à 1525 mètres au sud de la piste existant, qui sera renommée 06L/24R. La nouvelle piste sera située sur la zone d’une piste originale de l’aéroport 04/22 qui sera supprimée. La nouvelle piste mesurera 3550m x 60m, et elle sera équipée d’une piste sécante pour une approche de précision avec une installation ILS CAT IIIB dans les deux directions (l’ ILS CAT IIIB permet par exemple un atterrissage automatique en cas d’une visibilité zéro pour toucher le sol). L’investissement dans la nouvelle piste parallèle sera de 9 milliards de CZK.
Malgré son programme stratégique sur le long terme, le terrain pour la piste parallèle a été vendu en 2033 par le Fonds pour la terre de la République Tchèque à des propriétaires privées au prix d’un terrain agricole. Plus de 70 hectares de ce terrain ont été achetés en 2005 par un groupe d’investissement du nom de Penta Investments qui proposa un meilleur prix que l’État (500-1000 CZK/m²). L’aéroport de Prague a acheté ce terrain fin 2008. Le terrain était considéré comme crucial pour l’aéroport de PRague qui se préparait être privatisé. Le revenu net de la transaction au bénéfice de Penta a été évalué à 3-3,5 milliards de CZK, avec un prix par mètre carré atteignant environ 5500CZK. Selon des sources fiables, le groupe d’investissement demandait 10 à 12.000CZK par mètre carré (un total de plus de sept milliards de couronnes). Le co-propriétaire de Penta, Mark Dospiva, confirma que le prix par mètre carré était un prix négociable, ce qui restait avantageux pour l’État. Finalement, la transaction ne fut pas réalisée en tant qu’achat de terrain, mais via l’achat d’action par la société Realitní developerská, ce qui permit une réduction fiscale pour le pays.
En 2005, le parlement de la République Tchèque fit passer une loi spéciale N°544/2005 Coll. sur la Construction de la piste 06R-24L pour les décollages et les atterrissages de l’aéroport Prague-Ruzyně, cette loi déclarait que la construction de la nouvelle piste était d’intérêt public et elle énonçait la possibilité de la nécessité d’une expropriation foncière automatique. En mars 2009, la loi fut déclarée inconstitutionnelle par la Cour Constitutionnelle et elle fut abrogée. La Cour se conformait ainsi à la proposition de 17 sénateurs, liste à laquelle s’ajouta le nom de Karel Schwarzenberg, un autre sénateur.
Un certain nombre d’associations de riverains n’étaient pas d’accord avec la construction de la piste car ils avaient peur des détériorations que pouvait subir l’environnement dans lequel ils vivaient. Parmi elles, on trouvait l’Association civique pour Nebušice. Les critiques sur la construction de l’aéroport contestèrent avec succès l’illégalté de la prise de décision des autorités de Prague devant la Cour administrative suprême lors de la discussion du plan de zonage.
L’autorité municipale de Prague essaya par la suite sans succès de contester le jugement de la Cour administrative en déposant une plainte devant la Cour Constitutionnelle. Cependant, le 28 novembre 2006, la Cours Constitutionnelle rejeta la plainte, confirmant ainsi l’illégalité de la procédure liée à la préparation de la construction de la nouvelle piste.
L’autorité municipale adopta alors un nouveau plan de zonage. Ce dernier fut de nouveau contesté devant la Cour administrative suprême. Cependant, la demande de cessation d’activité fut rejetée. Le 25 mars 2009, la Cour Constitutionnelle conclut que la Cour administrative suprême devait ré-examiner cette affaire car la décision était « trop formaliste » et qu' »une telle procédure n’était pas considérée comme constitutionnellement conforme par le Sénat de la Cour Constitutionnelle. » Le verdict de la Cour n’a pas un effet immédiat sur le projet lié à la piste.