Passintarkastuksessa on kolme kylttiä: 1) EU:n ulkopuoliset (Non-EU), 2) EU ja 3) EU Only, mutta etusija diplomaattiselle henkilökunnalle ja lentohenkilöstölle. Useimmilta kansalaisuuksilta ei vaadita viisumia maahan saapumiseen mutta voit tarkistaa asian täältä. Muihin EU-lentoasemiin verrattuna passintarkastus saattaa toisinaan olla varsin hidasta (todennäköisintä, mikäli saavut ruuhka-aikaan 10 – 14). Paikalla on 12 porttia, mutta ne eivät yleensä ole kaikki samaan aikaan käytössä. Turvallisuus Prahan lentoasemalla on kaiken kaikkiaan tiukka mutta tehokas.
Jos saavut Schengen-alueelta (kaikki terminaalin 2 saapuvat/ lähtevät lennot), passintarkastusta ei ole. Useimmat EU-maat kuuluvat nykyään Schengen-alueeseen (Isoa-Britanniaa lukuun ottamatta).
Prahan lentoaseman E-portti
Prahan lentoasema tarjoaa matkustajille mahdollisuuden automaattiseen passintarkastukseen niin sanotulla ”E-portilla”. Easy Go -teknologiaan perustuva uusi laitteisto tarjoaa Euroopan Unionin, Euroopan talousalueen ja Sveitsin kansalaisille mahdollisuuden itsepalvelutarkastukseen sillä edellytyksellä, että heillä on hallussaan biometrinen passi ja että he ovat yli 18-vuotiaita. E-portilla suoritettava passintarkastus kestää alusta loppuun vain 12 -20 sekuntia. Uuden teknologian hyödyntäminen tulee huomattavasti lisäämään lentokentän passintarkastuksen kapasiteettia. E-portti on terminaaliin 1 saapuvien matkustajien käytettävissä (terminaaliin 2 saapuvien matkustajien ei tarvitse kulkea maahanmuuttopisteen kautta, sillä kaikki lennot saapuvat Schengen-alueelta).