El Aeropuerto de Praga gestiona más de 200 vuelos diarios (en temporada alta a veces casi 300) y es utilizado por unas 45 a 50 compañías aéreas que operan conexiones directas, regulares y chárter, a 83 destinos de todo el mundo (en 38 países), por lo que es un aeropuerto importante . El horario de invierno tiende a tener menos vuelos que los que operan en los itinerarios de verano.
La principal aerolínea en Aeropuerto de Praga es Czech Airlines (ČSA), que forma parte de la Alianza SkyTeam, y opera vuelos hacia la mayoría de los destinos Europeos y Rusos. En 2012 y 2013 la compañía amplió sus servicios a Asia y Australia, en cooperación con Etihad Airways y Koran Air (compañía que compró el 44% de sus acciones y posiblemente la salvó a la quiebra).
Hasta 1.2 millones de personas al mes utilizan el aeropuerto – aproximadamente el mismo número de personas que las que viven en Praga. Con base en el número de pasajeros que pasan por las terminales (alrededor de 10-12 millones de pasajeros al año), el Aeropuerto Vaclav Havel se encuentra entre los 30 principales aeropuertos de Europa y es el segundo aeropuerto más grande de Europa Central. Su popularidad se ha visto impulsada por el número de aerolíneas de bajo coste que se benefician de la ubicación centro europea de Praga. No se requiere decir que, el aeropuerto de Praga tiene alguna competencia de parte de los aeropuertos cercanos, como Viena, Múnich, Núremberg y Dresde, con muchos pasajeros buscando vuelos más económicos optando por salir desde tales aeropuertos y no desde Praga. Otro factor que reduce el número de vuelos en el aeropuerto de Praga es la empresa Checa, Czech Airlines que ha reducido considerablemente el número de sus vuelos a muchos destinos. El último factor que influye en el volumen de pasajeros es que algunas compañías aéreas de bajo coste que estaban interesadas en volar a Praga no pudieron llegar a un acuerdo como el aeropuerto de Praga, que todavía tiene tarifas muy altas, por lo que fracasaron las negociaciones, por ejemplo, con Ryanair.
Vuelos directos que actualmente operan desde el Aeropuerto de Praga hacia: Abu Dhabi, Almaty, Amsterdam, Atenas, Baku, Barcelona, Bari , Basel / Mulhouse, Berlín / Tegel, Bristol, Bruselas, Bucarest / Otopeni, Budapest, Colonia, Copenaguen, Donetsk, Dubai, Dublín, Dusseldorf, Edimburgo, Ekaterinburg, Frankfurt, Génova, Hamburgo, Helsinki, Estanbul, Kazán, Kiev / Borispol, Kosice, Krasnodar, Leeds, Lisboa, Londres / Gatwick, Londres / Heathrow, Londres / Luton, Londres / Stansted, Lyon, Madrid, Manchester, Marsella, Milán / Bergamo, Milán / Malpensa, Minsk, Moscú / Sheremetyevo, Múnich, Nápoles, Newcastle, Nizhniy Novgorod, Novosibirsk, Odessa, Oslo, Ostrava, París / Charles de Gaulle, Perm, Pisa, Riga, Roma/Fiumicino, Rostov, Rotterdam, Samara, Seúl / Incheon, Sofía, San Petersburgo, Estocolmo / Arlanda, Estrasburgo, Stuttgart, Tashkent, Tbilisi, Tel Aviv, Toulouse, Ufa, Venecia/Marco Polo, Venecia/Treviso, Viena, Varsovia, Yerevan, Zúrich.
