Tras la construcción de una pista paralela, la pista principal será usada para los despegues hacia Jeneč, mientras que la pista paralela será usada para los aterrizajes desde Nebušice. La capacidad del sistema de la pista debería ascender a 72 despegues y aterrizajes por hora frente al actual número de 46 en las horas punta.
Existe un plan de construir una nueva pista de despegue y aterrizaje que se dispondrá en paralelo a la existente pista principal 06/24. Aunque en el año 2004 el Director General de la Autoridad de los Aeropuertos de la República Checa, Martin Kačur, anunció el inicio planificado de la construcción en el año 2007, y su compleción dos años más tarde. El 27 de Octubre del 2011 el EIA (Estudio de Impacto Ambiental) del proyecto recibió el aprobado del Ministerio de Medio Ambiente. La aplicación había sido completada en primer lugar en el año 2005 y había obtenido más de 3600 comentarios. Sin embargo, como parte del aprobado de sus 71 condiciones; entre otras cosas, se encontraba la completa interrupción de las horas de operación del aeropuerto desde la medianoche hasta las 5:29 horas. Durante el año 2013, el Aeropuerto de Praga completa materiales para obtener un permiso de zonificación para la construcción de la susodicha pista paralela, que debería transcurrir paralela a la existente pista principal. La construcción debería iniciarse en el año 2016 y la apertura de la nueva pista debería tener lugar en el año 2019.
La actual pista 06/24 es la pista principal del aeropuerto y es usada para más de un 80% del tráfico del aeropuerto. La pista secundaria 12/30 podría ser usada únicamente en aquellos casos en los que no sea posible usar la pista 06/24 por motivos técnicos o meteorológicos. Esto implica que aunque el Aeropuerto de Praga ya disponga de dos pistas, sólo emplea una. La capacidad horaria de una única pista es de 46 movimientos de aeronaves (despegues y aterrizajes), lo que clasifica a este aeropuerto entre los mejores de Europa en términos de flujo de tráfico en una sola pista (siendo el líder absoluto actual el Aeropuerto Gatwick de Londres con una capacidad de 46-50 movimientos dependiendo de la proporción de despegues y de aterrizajes). Sin embargo, incluso dicha capacidad no es suficiente y el sistema de pistas del aeropuerto se encuentra actualmente desbordado.
La solución a este problema es la construcción de una nueva pista paralela 06R/24L. Esta pista estará ubicada a 1525 metros al sur de la pista existente, que será renombrada como 06L/24R. La nueva pista estará situada en una zona de la pista original del aeropuerto 04/22, que será cancelada. La nueva pista tendrá las dimensiones de 3550 x 60 metros, y estará equipada como una pista instrumental para aproximaciones de precisión con instalaciones ILS CAT IIB en ambas direcciones (ILS CAT III B permite p.ej. un aterrizaje automático en condiciones de cero visibilidad hasta tocar el suelo). La inversión que se realizará para esta nueva pista paralela será de 9 billones de CZK.
El terreno en el que se construirá la pista paralela, a pesar de que el plan estratégico se conociese desde hacía tiempo, fue vendido en el año 2003 por el Fondo de Tierras de la República Checa a dueños privados por el precio de terreno agrícola. Más de 70 hectáreas de esta tierra fueron compradas por un grupo inversor llamado Penta Investments en el año 2005, cuando ofreció un mejor precio que el estado (500-1000 CZK/m2). El Aeropuerto de Praga adquirió estas tierras a finales del año 2008. El terreno era considerado un punto crucial para el precio del Aeropuerto de Praga, que se encontraba en pleno proceso de privatización. El beneficio neto de la transacción para Penta presuntamente debería haber sido de 3-3.5 billones de CZK, con el precio por metro cuadrado de terreno alcanzando aproximadamente 5500 CZK. Según el EURO semanal referido a fuentes fidedignas, el grupo de inversión pidió de 10-12,000 CZK por metro cuadrado (un total de siete billones de coronas). El co-propietario de Penta, Mark Dospiva, confirmó que el precio por metro cuadrado era negociable, siendo aún ventajoso para el estado. La transacción se realizó finalmente no como una compra de terreno, sino como una compra de acciones de la compañía Realitní developerská, permitiendo la reducción de los pagos de impuestos para el país.
En el año 2005, el Parlamento de la República Checa emitió una ley especial Nº. 544/2005 Coll., relacionada con la Construcción de la Pista de Despegue y de Aterrizaje 06R – 24L del Aeropuerto de Praga- Ruzyně, que declaró la construcción de una nueva pista como un evento de interés público, y la posibilidad de la expropiación automática del terreno que se requiriese. En Marzo del año 2009, la ley fue declarada como inconstitucional por el Tribunal Constitucional y fue anulada. La corte por tanto respetó la propuesta de 17 Senadores, a los que se unió posteriormente un nuevo Senador, Karel Schwarzenberg.
Un gran número de asociaciones de residentes locales del área cercano al aeropuerto estaba en desacuerdo con la construcción de la pista, temiendo el deterioro del entorno en el que vivían. Entre ellas se incluye la Asociación Cívica para Nebušice. Los críticos de la construcción del aeropuerto interpusieron un exitoso recurso frente a la ilegalidad de la toma de decisiones de las autoridades de Praga ante el Tribunal Administrativo Supremo en el momento de discutir el plan de zonificación.
Posteriormente, la autoridad Municipal de Praga intentó impugnar, sin éxito, la sentencia del Tribunal Administrativo realizando una reclamación ante el Tribunal Constitucional. Sin embargo, el 28 de Noviembre del 2006, el Tribunal Constitucional rechazó la reclamación y confirmó definitivamente la ilegalidad del procedimiento de la preparación de la construcción de una nueva pista.
La autoridad Municipal adoptó entonces un nuevo plan de zonificación. En este caso también se interpuso un recurso frente al Tribunal Administrativo Supremo. Sin embargo, esta petición de cese fue desestimada. El 25 de Marzo del 2009, el Tribunal Constitucional concluyó que el Tribunal Administrativo Supremo debía re-examinar este caso ya que la decisión tomada era “demasiado formalista” y porque “dicho procedimiento no era considerado constitucionalmente adecuado por el Senado del Tribunal Constitucional.” El veredicto del Tribunal no tiene un efecto inmediato en el proyecto de construcción de la pista.