Υπάρχουν τρεις πινακίδες στον Έλεγχο Διαβατηρίων: 1) Μη ΕΕ, 2) ΕΕ μόνο και 3) ΕΕ μόνο αλλά με προτεραιότητα για διπλωματικό προσωπικό και πληρώματα πτήσεων. Οι περισσότερες εθνικότητες δεν χρειάζονται βίζα για να εισέλθουν στη χώρα αλλά μπορείτε να το ελέγξετε εδώ. Σε σύγκριση με άλλα αεροδρόμια της ΕΕ, ο έλεγχος διαβατηρίων μπορεί μερικές φορές να είναι πολύ αργός (το πιθανότερο είναι να συμβεί αν φτάσετε σε ώρες αιχμής, από τις 10.00 π.μ. ως τις 2.00 μ.μ.). Υπάρχουν 12 πύλες διαβατηρίων αλλά γενικά δεν λειτουργούν όλες μαζί ταυτόχρονα. Συνολικά, η ασφάλεια στο Αεροδρόμιο της Πράγας είναι σκληρή αλλά αποτελεσματική.
Αν έρχεστε από χώρα εντός της ζώνης Σένγκεν (όλες οι πτήσεις προς/από το Τερματικό 2) δεν υπάρχει έλεγχος διαβατηρίων. Οι περισσότερες χώρες της ΕΕ είναι πλέον μέρος του Σένγκεν (εκτός του Ηνωμένου Βασιλείου).
Prague Airport E-Gate
Το Αεροδρόμιο της Πράγας προσφέρει στους ταξιδιώτες την δυνατότητα του αυτόματου ελέγχου διαβατηρίου μέσω του λεγόμενου “E-Gate”. Βασισμένο στην Easy Go τεχνολογία, ο νέος εξοπλισμός επιτρέπει στους πολίτες της Ευρωπαϊκής Ένωσης, της Ευρωπαϊκής Οικονομικής Ζώνης και της Ελβετίας τη δυνατότητα να επωφεληθούν του αυτοεξυπηρετούμενου ελέγχου, με την προϋπόθεση ότι είναι κάτοχοι βιομετρικού διαβατηρίου και είναι άνω των 18 ετών. Από την αρχή έως το τέλος, ολόκληρη η διαδικασία ελέγχου του E-Gate διαρκεί 12 -20 δευτερόλεπτα. Η χρήση της νέας τεχνολογίας θα αυξήσει σημαντικά την ικανότητα του ελέγχου διαβατηρίων του αεροδρομίου. Το E-Gate είναι διαθέσιμο σε επιβάτες που φθάνουν στο Τερματικό 1 (οι επιβάτες που φθάνουν στο Τερματικό 2 δεν χρειάζεται να περάσουν τη μετανάστευση καθώς όλες οι πτήσεις είναι από τη ζώνη Σένγκεν).