Der Flughafen Prag fertigt täglich über 200 Flüge ab (in der Hochsaison manchmal bis zu 300) und wird von etwa 45 bis 50 Fluggesellschaften angeflogen, die Direktverbindungen, Linien- und Charterflüge zu 83 Flugzielen weltweit (in 38 Ländern) haben. Es ist also ein ziemlich großer Flughafen. Der Winterflugplan umfasst in der Regel weniger Flüge als der Sommerflugplan.
Die bedeutendste Fluggesellschaft auf dem Flughafen Prag ist Czech Airlines (CSA), Mitglied der SkyTeam Alliance, und bedient meist europäische und russische Zielflughäfen. In den Jahren 2012 und 2013 hat diese Fluggesellschaft ihren Service in Zusammenarbeit mit Etihad Airways und Korean Air (die sogar 44% der Aktien des Unternehmens gekauft und so das Unternehmen möglicherweise vor dem Konkurs gerettet hat) nach Asien und Australien ausgeweitet.
Bis zu 1,2 Millionen Menschen nutzen den Flughafen monatlich – etwa die gleiche Anzahl von Menschen, die in Prag lebt. Gemessen am Passagieraufkommen (etwa 10-12 Millionen Passagiere pro Jahr) gehört der Vaclav Havel Flughafen zu den Top 30 der Flughäfen in Europa und ist der zweitgrößte Flughafen Mitteleuropas. Seine Beliebtheit wurde durch die Anzahl der Billigfluggesellschaften, die von Prags zentraler Lage in Europa profitieren, gesteigert. Natürlich hat der Flughafen Prag einige große Konkurrenten in naheliegenden Flughäfen wie Wien, München, Nürnberg und Dresden, da viele Passagieren auf der Suche nach billigeren Flügen lieber von diesen Flughäfen anstatt von Prag aus abfliegen. Ein weiterer Grund für eine geringere Anzahl an Flügen auf dem Flughafen Prag ist die Tatsache, dass die tschechische Fluggesellschaft Czech Airlines die Zahl ihrer Flüge zu vielen Flugzielen reduziert hat. Was letztendlich auch das Passagieraufkommen beeinträchtigt, ist der Tatbestand, dass einige Billigfluggesellschaften, die ein Interesse an Flügen nach Prag hatten, keine Vereinbarung erzielen konnten, da der Flughafen Prag nach wie vor sehr hohe Gebühren verlangt, weshalb Verhandlungen gescheitert sind, wie zum Beispiel im Falle von Ryanair.
Zur Zeit gibt es Direktflüge vom Flughafen Prag nach: Abu Dhabi, Almaty, Amsterdam, Athen, Baku, Barcelona, Bari, Basel-Mülhausen, Berlin-Tegel, Bristol, Brüssel, Bukarest-Otopeni, Budapest, Köln, Kopenhagen, Donezk, Dubai, Dublin, Düsseldorf, Edinburgh, Ekaterinburg, Frankfurt, Genf, Hamburg, Helsinki, Istanbul, Kazan, Kiew-Borispol, Kosice, Krasnodar, Leeds, Lissabon, London-Gatwick, London-Heathrow, London-Luton, London-Stansted, Lyon, Madrid, Manchester, Marseille, Mailand-Bergamo, Mailand-Malpensa, Minsk, Moskau-Scheremetjewo, München, Neapel, Newcastle, Nischni-Nowgorod, Novosibirsk, Odessa, Oslo, Ostrava, Paris-Charles de Gaulle, Perm, Pisa, Riga, Rom-Fiumicino, Rostow, Rotterdam, Samara, Seoul-Incheon, Sofia, Sankt Petersburg, Stockholm-Arlanda, Straßburg, Stuttgart, Taschkent, Tiflis, Tel Aviv, Toulouse, Ufa, Venedig-Marco Polo, Venedig-Treviso, Wien, Warschau, Eriwan und Zürich.
