Nach der Inbetriebnahme einer parallelen Start- und Landebahn wird die Hauptstart- und Landebahn für Starts Richtung Jeneč benutzt, während die parallele Landebahn für Landungen aus Richtung Nebušice benutzt wird. Die Kapazität des Start- und Landebahnsystems soll von gegenwärtigen 46 Starts und Landungen pro Stunde während der Stoßzeiten auf 72 angehoben werden.
Es existiert ein Plan, eine neue Start- und Landebahn zu bauen, die parallel zur bestehenden Hauptstart- und Landebahn 06/24 verlaufen soll. Wenngleich im Jahre 2004 der Generaldirektor der tschechischen Flughafenbehörde, Martin Kacur, den geplante Baubeginn für das Jahr 2007 und die Fertigstellung zwei Jahre später ankündigte, erhielt das Bauvorhaben erst am 27. Oktober 2011 vom Umweltministerium die EIA-Genehmigung (Umweltverträglichkeitsprüfung). Der Antrag wurde erstmals im Jahre 2005 eingereicht und hat über 3600 Stellungnahmen erhalten. Allerdings ist die Genehmigung an 71 Bedingungen geknüpft, unter anderem die vollständige Unterbrechung des Flughafenbetriebs von Mitternacht bis 5:29 Uhr. Im Laufe des Jahres 2013 wird der Flughafen Prag abschließendes Material zum Erhalt einer Bauerlaubnis für den Bau der sogenannten parallelen Start- und Landebahn, die parallel zu der bestehenden Hauptstart-und Landebahn verlaufen soll, zusammenstellen. Die Bauarbeiten sollen im Jahr 2016 beginnen und die Eröffnung einer neuen Start- und Landebahn könnte im Jahre 2019 erfolgen.
Die derzeitige Start- und Landebahn 06/24 ist die Hauptstart- und Landebahn des Flughafens und wird für mehr als 80% des Flughafenverkehrs benutzt. Die sekundäre Start- und Landebahn 12/30 wird nur dann benutzt, wenn es aus technischen oder meteorologischen Gründen nicht möglich ist, die Start- und Landebahn 06/24 zu benutzen. Dies bedeutet, dass, obwohl der Flughafen Prag über zwei Start- und Landebahnen verfügt, nur eine benutzt wird. Die stündliche Kapazität einer einzigen Start- und Landebahn umfasst 46 Flugbewegungen (Starts und Landungen), womit dieser Flughafen zu den besten in Europa in Bezug auf den Verkehrsfluss auf einer Start- und Landebahn zählt (der absolute Spitzenreiter ist der Flughafen London Gatwick mit einer Kapazität von 46-50 Bewegungen, abhängig vom Verhältnis der Starts und Landungen). Allerdings sind auch diese Kapazitäten nicht ausreichend und das Start- und Landebahnsystem ist derzeit überlastet.
Die Lösung für das Problem besteht in dem der Bau einer neuen parallelen Start- und Landebahn 06R/24L. Sie wird sich 1525 Meter südlich der bestehenden Start- und Landebahn befinden, die in 06L/24R umbenannt wird. Die neue Start- und Landebahn wird sich im Bereich der ursprünglichen Start- und Landebahn 04/22 befinden, die aufgelöst wird. Die neue Start- und Landebahn hat die Ausmaße 3550 x 60 Meter und wird als Instrumentenlandebahn für Präzisionsanflüge mit einem ILS CAT IIIB-System in beiden Richtungen ausgestattet (ILS CAT IIIB ermöglicht z. B. automatische Landung bei Null-Sicht bis zur Bodenberührung). Die Investition in die neue parallele Start- und Landebahn beträgt 9 Milliarden CZK.
Das Land für die parallele Start- und Landebahn wurde trotz des seit Langem bekannten strategischen Plans im Jahre 2003 durch den Bodenfond der Tschechischen Republik an private Eigentümer zum Preis von Agrarland verkauft. Mehr als 70 Hektar dieses Landes wurden von einer Investorengruppe namens Penta Investments im Jahre 2005 gekauft, die einen besseren Preis als der Staat (500-1000 CZK/m²) angeboten hat. Der Flughafen Prag hat dieses Land Ende des Jahres 2008 erworben. Das Land wurde als für den Preis des Flughafens Prag entscheidend erachtet, der sich auf die Privatisierung vorbereitete. Der Nettoertrag aus der Transaktion zugunsten von Penta soll bei einem Preis pro Quadratmeter Land von bis zu etwa 5.500 CZK angeblich 3 bis 3,5 Milliarden CZK betragen haben. Laut der wöchentlichen erscheinenden Zeitschrift EURO, unter Bezugnahme auf glaubwürdige Quellen, verlangte die Investorengruppe 10.000 bis 12.000 CZK pro Quadratmeter (insgesamt mehr als 7 Milliarden CZK). Mark Dospiva, Mitinhaber von Penta, bestätigte, dass der Preis pro Quadratmeter verhandelbar und somit noch vorteilhaft für den Staat sei. Die Transaktion wurde letztlich nicht als Grundstückserwerb, sondern durch den Kauf von Aktien von dem Unternehmen Realitnídeveloperská realisiert, was eine Reduzierung von Steuerzahlungen für das Land ermöglichte.
Im Jahre 2005 verabschiedete das Parlament der Tschechischen Republik ein spezielles Gesetz Nr. 544/2005 Slg. über den Bau der Start- und Landebahn für Starts und Landungen 06R-24L des Flughafens Prag-Ruzyně, das den Bau der neuen Start- und Landebahn als im öffentlichen Interesse erklärte, und die Möglichkeit der automatischen Enteignung von Land erforderlich sei. Im März 2009 wurde das Gesetz vom Verfassungsgericht als verfassungswidrig erklärt und aufgehoben. Das Gericht entsprach somit dem Vorschlag von 17 Senatoren, zu denen ein weiterer Senator, nämlich Karel Schwarzenberg, hinzukam.
Eine Reihe von Verbänden der Anwohner in der Nähe des Flughafens sind gegen den Bau der Start- und Landebahn, weil sie eine Verschlechterung der Umwelt, in der sie leben, fürchten. Dazu gehört die Bürgervereinigung von Nebušice. Die Kritiker des Flughafenbaus erhoben vor dem Obersten Verwaltungsgericht erfolgreich Einspruch gegen das Entscheidungsverfahren der Prager Behörden, welches sie als illegal erachteten, wobei sie den Bebauungsplan in Frage stellten.
Die Gemeindeverwaltung der Stadt Prag reichte anschließend beim Verfassungsgericht erfolglos eine Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts ein. Am 28. November 2006 lehnte das Verfassungsgericht die Beschwerde ab und bestätigte damit endgültig die Rechtswidrigkeit des Verfahrens bei der Vorbereitung des Baus der neuen Start- und Landebahn.
Die Gemeindeverwaltung nahm dann einen neuen Bebauungsplan an. Diese wurde wieder vor dem Obersten Verwaltungsgericht angefochten. Allerdings wurde die Klage auf Einstellung des Bauvorhabens dieses Mal abgewiesen. Am 25. März 2009 stellte das Verfassungsgericht fest, dass das Oberste Verwaltungsgericht diesen Fall erneut zu prüfen hätte, da die Entscheidung “zu formalistisch“ sei und “ein solches Verfahren vom Senat des Verfassungsgerichts nicht als verfassungsrechtlich konform erachtet wurde“. Das Urteil des Gerichts hat keinen unmittelbaren Einfluss auf das Start- und Landebahn-Projekt.