I øjeblikket er Prag Lufthavn ikke direkte forbundet med nogen jernbane. Selvom der er planer om direkte at forbinde lufthavnen med tog, vil den ikke blive bygget før 2020, og det forventes, at hele projektet vil være gennemført i 2023-24.
De første annoncerede planer for en jernbaneforlængelse ville føre fra Prag 6 (Veleslavín, hvorfra der nu går busser til lufthavnen) til Václav Havel Airport, med yderligere linjer der fortsætter til Kladno. Jernbanen vil forbinde lufthavnen direkte med centrum af byen på Prags Masarykovo nádraží station. I tider med spidsbelastning kan seks tog i timen foretage en 27-minutters rejse lige så hurtigt som rejsen med taxi. Tog til Veleslavín vil nå lufthavnen på blot 11 minutter.
I øjeblikket er den nemmeste måde at komme til Prags hovedbanegård (Praha hlavní nádraží), hvorfra en direkte omstigning til tog der kører til andre destinationer i Tjekkiet og i udlandet, at bruge Airport Express-bussen.
AE Bus drop-off stop er placeret direkte foran terminalbygningen ved Terminal 1 og Terminal 2 (ikke til boarding). Hvis du ankommer til Terminal 2, skal du være opmærksom på, at AE-bussen kun afgår fra Terminal 1. Rejsetiden dertil er ca. 25 til 35 minutter afhængigt af trafikken.
For at bruge denne service skal du købe Airport Express busbilletter. Billetter kan købes direkte hos buschaufføren eller i besøgscenteret i ankomsthallen. Bemærk venligst, at offentlige transportbilletter (MHD) ikke er gyldige til denne service.