Lufthavnen i Prag håndterer over 200 flyvninger om dagen (i højsæsonen til tider næsten 300) og bruges af omkring 45-50 luftfartsselskaber til direkte flyvninger, ruteflyvninger såvel som charter fly, til 83 rejsemål verden over (i 38 lande), så det er en stor lufthavn. Der er normalt færre flyvninger om vinteren, end der er om sommeren.
Lufthavnen betjener op til 1.2 millioner passagerer om måneden – omtrent det samme antal mennersker – som der er indbyggere i Prag. Baseret på antallet af passagerer der bruger lufthavnen (omkring 10-12 millioner passagerer om året), er Václav Havel Lufthavnen i Prag en af Europas top 30 lufthavne, og den næst-største lufthavn i central Europa. Dens popularitet er steget, fordi mange lav-pris selskaber drager fordel af Prags central Europæiske placering. Lufthavnen i Prag ligger dog i skarp konkurrence med andre lufthavne i området, så som Wien, München, Nürnberg og Dresden, hvor mange passagerer vælger at flyve med billigere ruter end det er muligt fra Prag. En anden faktor, der har reduceret antallet af flyvninger fra lufthavnen i Prag er, at det Tjekkisk ejede luftfartsselskab, Czech Airlines, har skåret betydeligt i antallet af flyvninger til mange destinationer. Den seneste faktor der har haft indflydelse på antallet af passagerer der bruger lufthavnen, er at nogle lav-pris selskaber var ude af stand til at blive enige med lufthavnen om landingsafgifterne, så forhandlingerne brød sammen; for eksempel med Ryanair.
Det største luftfartsselskab i lufthavnen i Prag er Czech Airlines (ČSA), en del af SkyTeam Alliancen, som opererer flyvninger til mange Europæiske og Russiske destinationer. I 2012 og 2013 har selskabet udvidet antallet af flyvninger til Asien og Australien, i samarbejde med Etihad Airways og Koran Air (som faktisk opkøbte 44% af aktierne i selskabet og muligvis reddede det fra konkurs).
Nuværende direkte flyvninger fra lufthavnen i Prag til: Abu Dhabai, Almaty, Amsterdam, Athen, Baku, Barcelona, Bari, Basel / Mulhouse, Berlin / Tegel, Bristol, Bruxelles, Bucharest / Otopeni, Budapest, Köln, København, Donetsk, Dubai, Dublin, Düsseldorf, Edinburgh, Ekaterinburg, Frankfurt, Geneve, Hamborg, Helsinki, Istanbul, Kazan, Kiev / Borispol, Kosice, Krasnodar, Leeds, Lissabon, London / Gatwick, London / Heathrow, London / Luton, London / Stansted, Lyon, Madrid, Manchester, Marseille, Milan / Bergamo, Milan / Malpensa, Minsk, Moskva / Sheremetyevo, München, Napoli, Newcastle, Nizhniy Novgorod, Novosibirsk, Odessa, Oslo, Ostrava, Paris / Charles de Gaulle, Perm, Pisa, Riga, Rom / Fiumicino, Rostock, Rotterdam, Samara, Seoul / Incheon, Sofia, St. Petersborg, Stokholm / Arlanda, Strasbourg, Stuttgart, Tashkent, Tblisi, Tel Aviv, Toulouse, Ufa, Venedig / Marco Polo, Venedig / Treviso, Wien, Washava, Yerevan, Zürich.
